2003年以来，各高校响应国家号召，积极推动本校精品在线开放课程建设的步伐，通过出台激励政策，打造教学平台，加强课程建设，不断深化教学资源建设，近几年尽管取得了一定的成绩，但仍存在许多问题，特别是部分高职院校，在线开放课程存在课程建设定位模糊、开发经费紧张、教学模式少创新、教学管理滞后等问题。
1、课程建设定位模糊，课程缺乏专业特色
在线开放课程是互联网新时代下的产物，是互联网技术与教育相融合、创新的过程，代表着先进的教学技术，是拥有大量教育者和学习者参与的教学网络，具有其特定的建设发展目标，课程资源和教学形式灵活多样，但是，目前高职院校的课程建设定位不明确，大多时候的课程开发，建立在行政管理机制下的“要求开发”行为，导致在线开放课程开发的被动性，统一设计模板、统一建设团队、统一操作流程，课程内外都流露着包装的痕迹，这样开发的在线课程难于保证其创新和特色，不能有效激发学生的学习兴趣。
2、 开发经费紧张，课程开发积极性低
高职教育的经费实行“分级管理、地方为主、政府统筹、社会参与”的管理体制，办学经费来源主要集中在“政府财政拨款、教育事业收入（以学费收入和住宿费为主）和其他收入（以校办产业收入、社会服务收入、企业捐赠为主），和普通本科院校相比，国家对高职教育投入偏低，高职办学经费相对缺乏，而且政府还没有出台针对专门在线课程开发的广泛而有效的经费支持办法。而在线开放课程的建设对网络技术、硬件设备等都有较高要求，需要有专业的视频制作团队支撑，且后期维护也需要有经费保障，这都需要大量资金投入，在经费有限、紧张的情况下，导致教师参与建设的积极性低，在线开放课程建设质量参差不齐。
3、教学模式少创新，学生自主学习效率低
乔伊斯和韦尔在《教学模式》一书中认为：“教学模式是构成课程和作业、选择教材、提示教师活动的一种范式或计划。” 在线开放课程的教学模式，跟传统教学有很大差别，额外强调学生的自主学习能力，而高职学生的学习基础较弱，学习能力不强，大部分学生不爱看书，不能长时间专注听老师讲课。而目前大部分教师在利用在线开放课程进行教学时，采用的教学模式跟本科学生没有区别，没有考虑到高职学生的特有学习风格，仍未摆脱教师上课 “满堂灌”、学生课内被动听、课后机械完成作业的教育枷锁，缺乏针对高职在线开放课程教学模式的创新，导致学生进行自主学习的效率低。
4、教学管理滞后，优质课程利用低
目前，各地方高职院校在建设在线开放课程过程中，各自为营、交流甚少，尽管有些省份成立了课程资源共享平台，为其他高职院校选用相关课程提供便利和方便，但在线开放课程重复建设的状况普遍存在，且不少院校基于课程访问率、知名度的考虑，不顾学生的学习意愿，强制学生进行注册、选课、学习，只为提高课程的选课量，更有甚者，为提高学习及格率，降低学习的要求，放松考核环节，以换取一些虚高的成绩。这些松懈的教学管理导致许多优质的课程资源不能实现有效的共享，背离了在线开放课程建设的初衷。
5、考核认可度低，课程学分互认难
在线开放课程的优点在于实现个性化、因材施教，学习者可以跨时间、跨区域的互动交流，但对于在线开放课程的考核，由于高职教育的专业性要求，在线开放课程的建设存在课程标准不一、校际壁垒，使考核的难度增加，加上网络学习的监管较难，导致考核认可度较低，现在很多高职院校正在尝试将在线课程认定为公选课学分，但具体实施方案也没有得到统一，这导致在线开放课程考核成绩得不到相关学校教育部门的认可，学分得到互认比较难。