根据《国家生态文明试验区（贵州）方案》要求，不仅要建立生态旅游融合发展机制，还要建立生态旅游开发保护统筹机制。然而，就目前的情况看，不管是制度建设层面还是实践层面，生态旅游的支撑远远不够。
（一）生态旅游发展制度创新试验的重点问题
基于贵州生态旅游发展制度创新现状，笔者认为存在以下几个重点问题：
1、生态旅游发展制度建设还很欠缺
第一，除《贵州省全域山地旅游发展规划》外，还不见其他的制度文件。《国家生态文明试验区（贵州）方案》发布以来，在生态旅游发展制度创新环节，贵州目前仅批复了一个《贵州省全域山地旅游发展规划》（2017-2025年），其他的制度文件至今未见。
第二，《贵州省全域山地旅游发展规划》与《贵州省生态旅游发展战略总体规划》的有效衔接问题没有解决。《贵州省生态旅游发展战略总体规划》是2016年7月评审通过的，是贵州省发展生态旅游的长期战略性规划，该规划具有国际高度且充分体现贵州实际，切实可行，指导性强。而《贵州省全域山地旅游发展规划》是2017年底批复的，该规划对全省旅游资源的分类挖掘、旅游市场定位细分、旅游空间布局和优化、旅游融合发展等，都做了十分详尽的规划。经多方论证和考核，认为这个规划为未来贵州旅游发展指出了一条康庄大道。两个规划虽然都较为完美，但如何衔接、整合与统筹实施的问题还没有得到有效解决。
第三，生态旅游开发保护统筹机制尚未建立。尽管贵州已启动了一些工作（如正在草拟制定贵州省生态旅游资源管理办法，以推动生态与旅游有效融合；在旅游资源分级分类立档管理方面，根据全省旅游资源大普查成果，已基本完成了旅游资源的级别划分等），但很多工作都还在探索中（如旅游资源的立档管理，旅游资源保护情况通报，在重点生态功能区实行游客容量、旅游活动、旅游基础设施建设限制，资源共用、市场共建、客源共享、利益共分的区域生态旅游合作等），全面系统的生态旅游开发保护统筹机制尚未建立。
2、生态文明考核指标体系中未涉及生态旅游
生态旅游发展制度创新试验是《国家生态文明试验区（贵州）方案》的一大特色，虽然写进了《贵州方案》，但《贵州省生态文明建设目标评价考核办法（试行）》中却没有涉及生态旅游。《考核办法》具体考核内容包括：绿色发展指数（49项指标，占70%），体制机制创新和工作亮点（占20%）、公众满意程度（占10%）、生态环境事件（扣分项），[3]尽管在绿色发展指数的二级指标中如城乡生活垃圾无害化处理率、森林覆盖率、湿地保护率、自然保护区面积等与生态旅游有关联性，但缺乏直接的生态旅游考核指标。同时，生态文明建设目标评价考核，多集中在统计、环保、国土、林业、卫生、注建、发改等部门，缺乏对旅发委的具体设置，这对生态旅游发展制度创新试验是较为不利的。
3、全域旅游与生态旅游层次提升存在一定悖论
严格地说，全域旅游和生态旅游二者有很明显的差异。第一，内涵不同。生态旅游是以生态学原则为指针、以生态环境和自然环境为取向所开展的一种既能获得社会经济效益又能促进生态环境保护的边缘性生态工程和旅游活动。而全域旅游是指各行业积极融入，各部门共同管理，居民游客共同享有，充分挖掘目的地吸引物，创造全过程与全时空的旅游产品，强调的是旅游资源全域化。因此，全域旅游的覆盖面、涉及面都比生态旅游要广，全域旅游包含了生态旅游。第二，对象不同。生态旅游的对象是自然生态及与之共生的人文生态，它强调良好的生态环境载体；而全域旅游重视的是全过程、全时空和全方位的旅游吸引物，其对象范围远远大于生态旅游。第三，导向不同。全域旅游更注重的是以旅游为中心来统筹规划一、二、三产业，实现产业联动，更偏向于经济行为。而生态旅游强调旅游责任，倡导管理者、经营者和旅游者都应承担保护资源环境和促进当地社区可持续发展的责任，通过环境教育来提高甚至改变游客的环境资源观和生活方式，生态旅游必须保证旅游活动对生态系统的干扰是可控的，也即负面影响最小化。尽管全域旅游和生态旅游有很明显的差异，但都是“造血式”扶贫的有效方式，也是城乡统筹发展、促进百姓脱贫致富的新出路。二者在目标和方向上是一致的。区别在于全域旅游的外延远远大于生态旅游，但生态旅游的层次要求又远远高于全域旅游。因此，二者之间是“深度”和“广度”的差别。正是这一差异的存在，使得在层次提升上存在一定悖论。