结合预算法和内控规范的要求，高校应重视预算编制环节的风险，建立与内控要求相适应的风险防控机制，梳理经济业务的风险点，提升预算控制在会计控制中的质量，为高校事业发展提供科学的经费安排和资金保障。结合工作实际，高校在预算编制环节主要存在以下几个方面的风险，这些风险的形成主要是由于预算编制时的随意性、盲目性和短期性造成的。
（一）预算编制的数据错误风险
预算基础数据的准确性直接影响到预算编制工作能否顺利进行，根据数据来源的不同，可以将预算编制的数据风险划分为三类：上级部门的政策数据风险、校内部门的需求数据风险和财务部门的分析数据风险。第一，上级部门的政策数据风险主要体现为高校对财政预算编制政策掌握不全面，理解不到位，缺少财政预算编制的政策信息。同时，由于各高校发展模式和生源性质不一样，上级主管部门存在政策疏漏的风险可能性，不能穷尽所有高校的实际情况；第二，校内部门的需求数据风险主要体现为校内业务部门提供的预算相关数据和资金需求数据出现“假大空”的现象，未经核实论证，随意提供数据，夸大经费需求，导致预算存在数据不真实的风险；第三，财务部门的分析数据风险主要体现为将上级部门的政策数据和校内的需求数据进行整合时出现的分析风险，导致高校预算和政策法规、工作实际相脱离，影响了预算编制数据的客观性。
（二）预算编制的内容缺失风险
预算法明确要求各单位要充分考虑预算收支的可能性和全面性。但是，通过预算编制实践可以看出，高校主要体现为三种风险：第一，预算收支内容缺失风险。高校的预算编制没有涵盖全部财务收支内容，仅仅考虑了当年的财务预算收支和上年追加的财政专项结转资金，对于以前年度结转资金、各类基金等未全部纳入预算编制，没有全面反映高校整体的财务预算收支能力；第二，资金需求不均衡风险。财政部门或教育主管部门直接下达预算控制指标结构未经过高校整体规划讨论，基本经费和项目经费的需求不均衡，高校在预算编制时可调节的空间有限，资金供给和资金需求不均衡，为后续的预算执行留下隐患；第三，可支配财力体现不足风险。高校预算编制的收支项目并不能完全反映高校的真正财力，根据“收支平衡”的原则，更多地体现为“大收大支”，因此存在很多可支配的财力都被经济分类或会计科目隐形的风险，没有真正考虑到收支的可能性。
（三）预算编制权力失衡风险
预算编制的结果直接决定了经费的分配使用，这一过程与预算编制中的权力行使息息相关。在目前的行政管理惯例下，高校预算编制的权力风险主要有三种：第一，完全放权的风险。预算编制环节完全依托财务部门，审计部门不监督，领导层不重视，内控风险意识淡薄，预算编制成败完全取决于财务部门的主观判断；第二，高度集权风险。校级领导的管理思路直接决定了预算资金的投向，完全不顾及上级部门的政策要求和业务部门的实际资金需求，预算参与部门只能机械地编制预算；第三，教学科研一线人员预算参与权缺失风险。高校的资源配置权掌握在行政管理部门手中，重大预算项目的决策依然取决于校领导的意愿，教学科研一线部门对资源的配置缺少话语权，学术力量和行政力量在预算编制中的权重失衡，缺乏预算决策的制衡机制。
（四）预算编制战略缺失风险
预算的编制应该紧紧围绕战略目标展开，因为预算本身就具有战略的元素。如果预算的编制偏离了战略目标，那么预算就只能是一些数字的简单罗列，并不能透过数字看到高校的发展和运行情况。目前高校在预算和战略匹配方面存在的风险主要体现为：第一，预算目标与战略目标不一致风险。现行的预算目标是收支平衡，能够保证高校日常运行所需的支出，更偏向短期行为，而战略的目标侧重于高校未来的发展和规划，是一种长期行为；第二，预算约束与战略需求冲突的风险。由于各个高校的实际情况不一致，从而导致预算政策的刚性和强制性不能完全与战略需求相匹配；第三，预算流程与战略流程冲突的风险。预算流程的主线是资金的流向，而战略流程的主线是实际业务的流程，两者的冲突时常出现。