我国开展的生态补偿式扶贫实践虽取得一定成效，从现有试点实践来看，仍存在不容忽视的问题，需要针对不同问题采用相应的措施以优化生态补偿式扶贫的运行机制，保障其有效性、长久性。
1、对象识别精确度低
一般情况下，为保护生态环境免遭破坏和维护生态系统稳定，因放弃依靠传统经济发展模式而致贫的农户是生态补偿式扶贫的瞄准对象，这些做出生态贡献的农户付出用于生态保护的直接成本和丧失的发展机会成本理应得到补偿。但生态补偿式扶贫实际开展过程中对补偿对象的瞄准出现偏差，致使扶贫效果不明显。为保障天然林生态保护工程的有效开展，周边农户放弃传统林木开采和林下经济作物种植获取经济收入的机会，理应获得经济补偿维持其生计。由于对贫困人口的识别不精确，使得下发的项目补偿金主要应用于林业管护人员的工资发放，周边农户依旧深陷贫困。
生态补偿按照“受益者补偿、污染者付费”的原则落实受益主体，补偿对象多为政府、居民等生态保护者，而扶贫开发则以“低于扶贫标准且具有劳动能力的农村人口”为主要帮扶对象，两者在目标对象的定位上有所不同。生态补偿式扶贫在两者协同过程中忽视对贫困对象精确识别，导致生态补偿式扶贫工作效率降低，很难达到预期的扶贫效果。生态补偿式扶贫未建立对补偿对象的识别机制，使得补偿对象范围扩大、补偿资金使用面扩大，减贫效果不明显。此外，也缺乏对生态补偿式扶贫工作效果的识别工作，补偿资金是否真正落实、补偿对象是否真正受益无法准确得知。
2、标准制定不合理
补偿标准的统一化、形式化方便政府工程项目开展，却忽略贫困地区经济发展、地理位置、生态环境的异质性，容易形成“一刀切”的补偿标准形式。
由于目前生态系统服务价值估算难度大，核算标准没有统一的要求。生态资源与生态环境带有公共物品的特性，退耕还林、退耕还草、禁止或限制开发水源等生态项目的开展，让周边农户牺牲局部利益换取生态保护的全局利益。贫困农户做出的生态牺牲很难进行衡量，制定完善的补偿标准存在一定难度。此外，贫困的生态系统服务价值提供者与生态获益者对标准制定存在分歧，双方对生态环境的评价指标与需求的不同致使认知水品存在较大差异，一定程度上加大标准制定的难度。
生态补偿标准设置过低，贫困生态保护者投入与收益失衡，致使其与生态受益者之间的矛盾激化，降低生态保护者保护生态的积极性（邓远建，2014）。例如，广西省制定的公益林补偿标准为每年每亩15元，平均租金50元亩/年，部分地区高达80-100元，经营公益林的收入水平远达不到出租林地的收入水平。林农的利益诉求得不到满足，生态保护与经济发展矛盾突出，严重背离生态补偿式扶贫在生态保护中实现贫困生态保护者脱贫解困的目标。
3、补偿方式缺乏“造血”功能
生态补偿式扶贫正处在探索阶段，在无相应专项补偿资金的背景下，各地主要通过生态补偿的直接现金补贴开展生态补偿式扶贫工作（吴乐，2017）。外部“输血量”的多少影响贫困地区脱贫工作的精确度、覆盖范围，“输血”中断后，很容易出现返贫。可见，这种“输血式”现金补偿方式并非长久之计，贫困地区脱贫方式缺乏有效的“造血”功能。“授人以鱼”的方式只能起到一时的扶贫效果，“授人以渔”的智力补偿未引起高度重视（曹明德，2010）。生态补偿直接现金补贴来源较为单一，大多以中央和地方政府直接拨付为主。非政府组织与社会团体的参与度较低，生态受益者并没有为自己享受这种经济正外部性付出相应的代价。
此外，贫困的生态保护者缺乏对自身永久脱贫的考虑，内生脱贫动力不足，使得“输血”式补偿起不到“造血”的效果。项目补偿开展过程中缺乏主动将生态优势转变为经济优势的意识，阻碍生态补偿式扶贫由“救济”向“开发”的转变（方兰，2014）。生态保护的长期性、全面性与贫困的时效性之间存在矛盾，直接的现金补偿方式在生态补偿式扶贫工作中只起到短时间内的扶贫效果。补偿资金中断后，贫困户是否能在保护生态环境的前提下具备可持续的生计能力仍是生态补偿式扶贫不容忽视的重要问题。