1、农村土地“三权分置”
各实验区以推进土地确权登记颁证、建立“三权分置”机制为突破口，构建完善农村土地流转交易服务体系，有效提高土地流转效益。利用现代遥感等测绘技术，开展土地承包经营权确权登记颁证。浙江湖州市实验区创新农村土地承包权确权方法，利用遥感技术测绘并制作出工作底图，获取界址点信息，用信息化手段进行内业处理，实现土地确权登记颁证工作一体化进程，确保数据成果质量。目前已完成土地测绘面积130.5万亩，占需确权面积85%。探索制定风险控制制度，规范土地流转交易平台。实验区依托县级政务中心和乡镇便民服务中心建立土地流转服务窗口，开展土地流转服务工作。在此过程中，为加强对工商资本租赁农地监管和风险防范，山东青岛市实验区建立租赁农地风险保障金制度，原则上一次性租赁土地50亩以上的，由租地企业、组织或个人缴纳相当于所租赁农地一年流转费的风险保障金，用于防范承包农户权益受损及其他违法违规行为。创新利益联结机制，发展适度规模经营。实验区通过土地流转、土地入股、土地托管、代耕代种、联耕联种、统一经营等多种利益联结机制，推进土地适度规模经营。浙江省湖州市实验区创新土地流转集中“米票”机制，承租土地的经营主体以每亩每年350 斤大米的提货券作为租金付给农民，农民既可以凭票领米，也可以折算现金，推动土地连片流转、主体规模经营。
2、农业水权水价改革
按照“总量控制，定额管理，以水定地，配水到户”的农业水权水价改革路径，各实验区建立水权水价制度，明晰初始用水权，提高水资源可持续利用效率。实施农业水权水价改革，创新用水管理模式。宁夏中卫沙坡头区实验区强化水量调度、对灌区引用水实行“年控制、月计划、旬安排、日调节”的调度模式，用水高峰期采取“错峰、压峰、削峰”的调度措施。同时农业灌溉用水实施定额管理，凡超出定额的水量每立方米加价50％。用水户加入农民用水户协会，形成“灌区专业管理机构＋农民用水协会＋用水农户”的配水模式。创新节水灌溉和农艺相结合的节水技术，配水到户实现数字化可视化。推广先进节水工艺、技术、设备和产品，在支渠、毛渠和斗渠增添了相关测水设施。河南省实验区开展智能农业灌溉物联网系统建设，在机井取水计量、地下水位监测、土壤墒情监测、田间气象监测、灌溉自动控制等系统进行多功能设计的基础上，采用GPRS/CDMA无线通信方式，实现中心对多测点的远程监控，为农田水利管理和水资源利用提供了可靠的技术保障。完善价格形成机制，建设水权交易平台。广东省产权交易集团通过对协商定价、招标投标定价和拍卖竞价三种水权价格模式制定水权交易规则和流程，重点引导鼓励东江流域上下游区域与区域之间开展水权交易。2016年，中国水权交易所正式运营，宁夏中宁县行业间水权交易、平顶山-新密流域间水权交易、永定河上游区域间水量交易三单交易总成交水量1.14亿立方米，总成交金额约6800万元。
3、知识产权保护
实验区通过建立知识产权保护体系，提高成果转化率，掌握核心竞争力，成为可持续发展的重要引擎。推广运用自主知识产权品种。内蒙呼伦贝尔市、河南安阳市、湖南长沙市和天津市等地实验区科研机构与深圳华大基因围绕具有自主知识产权的核心种质建立种业项目合作关系。重庆市在全国率先启动县级科研单位自培杂交新品种工作，建立“原原种、原种和推广种”三级良种繁育体系,良种自繁自供比例达到生产用种的95%以上,每年还向湖北、贵州、四川等地销售“石柱红”辣椒良种 3 万多亩，构建自主知识产权体系，形成可持续发展的核心竞争力。构建知识产权保护交易平台。广东省围绕构建全省统一的要素交易平台，成立广东省产权交易集团，下辖包括广州知识产权交易中心在内的成员企业。
4、以股权为纽带的“三变”改革
针对集体经营性资产归属不明、经营收益不清、分配不公开、成员的集体收益分配权缺乏保障等突出问题，实验区建立股权分配机制，深化合作制改革，创新利益链接机制。对集体资产折股量化、搭建股权交易流转平台。河南省济源市实验区推进农村集体资产股份权能改革国家试点，将各类农村集体的资源性和经营性资产，折股量化到村组织成员，组建了村股份经济合作社等新型经济组织。浙江省湖州市实验区建立集体资产分配“股票”机制，将集体经营性资产量化为股权，让集体组织成员享受集体资产保值增值所带来的收益。在资源变资产，资金变股金，农民变股东的基础上，山东淄博、山西晋中等实验区综合产权交易中心正式挂牌运行，农村产权流转交易更加统一规范。产销经营向股份制合作农业转变，提升利益共同体紧密度。实验区经营方式从初期合同制、合作制转向股份制、产业联合体等紧密型合作形式，实现“产业连体”“股权连心”，推动新型经营主体与普通农户之间由利益共同体向命运共同体转变。天津市武清区以南辛庄村为试点，依托该村作为“北方香油第一村”的优势资源，采取“企业经营+合作经营+集体经营+家庭经营”的复合型经营新体系，通过组建整村建制土地股份合作社，推动全村600多亩耕地入股合作社。成立香油生产、香油销售、农业开发和旅游服务四大子公司，在农业生产销售环节采取“公司+村集体”合营的方式。在农业开发环节采取设施和土地经营权入股产业化龙头企业的方式，有效解决一家一户分散生产经营问题，大幅提高土地收益，壮大了集体经济。