学术型研究生的教学评价应与其教学相对应，应包括课堂教学评价和研究指导评价两部分。前者主要是评价任课教师在课堂上的活动，而后者是评价导师对研究生的学术研究而进行的指导。然而，笔者的调查发现，大陆高校重视评价学术型研究生的课堂教学，相对忽视评价导师的研究指导；有高校甚至就把“学术型研究生的教学评价”当作是“课堂教学评价”。除此之外，我国既有的学术型研究生课堂教学和研究指导评价存在局限，致使无法充分发挥它在教学质量保障上的功能，其具体问题分别如下。
（一）大陆学术型研究生的课堂教学评价的问题
学术型研究生教学评价落后于本科教学评价，无法发挥充分评价在教学质量保障上的功能。教学评价发展的迟缓，导致学术型研究生的教学在很大程度上处于松散监督、反馈匮乏状态。当前大陆学术型研究生课堂教学评价主要存在以下三个问题。
第一，评价的部分功能不能发挥。当前大陆学术型研究生的课堂教学评价主要是监控任课教师在学术型研究生课堂上的教学常规活动，包括是否按时上下课、教材使用、考试方法、成绩录入。这与其说是评价，不如说是教学常规的检查。这样的评价并没有发挥评价在检测目标的达成度和改进教学上的功能。
第二，评价工具效度不高。当前大陆学术型研究生的课堂教学评价工具多为问卷。笔者分析了收集到的这些问卷发现，问卷的题目都较少，但是每一道题都包含多重问题，违背了问卷设计中的“单一性”原则（即一个题目只问一个问题）。比如，某高校的问卷中有一道题是“因材施教，注重启发，利用各种方式组织课堂教学”，这其实涉及到三个问题。这样设计的问题会让学生不明白问题的焦点、增加他们的困惑和反感，导致评价结果无效。
第三，评价的时效性有待提高。笔者的调查发现，一些高校的学术型研究生课堂教学评价持续时间很长——从学期结束持续到下学期开学。这可能会引发三种问题。一是可能导致学生淡忘了之前的课堂教学，给出不正确的判断。二是造成评价和学业成绩之间的利益冲突，即一些学生可能因为任课教师没有给其理想的分数，而故意给差评。三是不能及时给予教师反馈。
（二）大陆学术型研究生研究指导评价的问题
相对大陆学术型研究生的课堂教学评价，学术型研究生的研究指导评价发展更为迟缓，更没有受到重视，且存在多种不平衡。其不平衡可以体现在以下三方面。
首先是重视评价导师的工作成果，轻考察导师对学生的研究指导。这在学术型研究生导师的遴选、职位晋升和奖励上都有体现。导师的遴选和晋升主要是以其科研项目和成果为主要衡量标准，与其指导研究生的投入和质量相关度不高。新的研究生奖助金制度——“导师资助为主”的制度更凸显了导师拥有科研项目经费的重要性。[4]教师的科研成果在一定程度上可以显示教师科研水平，是教师指导研究生的必要条件，但并非充分条件，因科研成果多的教师并非更愿意和善于指导学生。另外，为数不多的设立研究生导师奖的高校并非专门奖励研究指导工作。他们要考察的内容涉及导师的政治方向、师德、主讲课程、参与学院学科建设的成果和指导的研究生发表论文和获奖数量。在这众多版块中，唯有最后一部分与研究指导有关。