为有效应对当前实验室安全问题带来的挑战，高等院校立足于学校实际情况，在实验室安全管理制度、管理体系建立、相关操作规程制定、实验室废弃物处置危化品管理等方面进行了积极的探索，也取得了一定的成效。长期以来，由于高等院校存在管理理念落后，经费投入、人员配比不足，制度滞后等问题，如果切实加强实验室安全管理依然是高等院校面临的极大挑战。
1、安全意识淡薄，观念落后
在传统的“教学科研至上”理念指导下，从高校管理层到基层实验技术人员以及学生普遍存在安全意识淡薄，对实验室安全重视程度不高，对实验室安全工作的重要性认识不足的问题，缺乏对安全管理各个环节的系统性思考；有关实验室安全的宣传教育、培训工作过于单一化，缺乏创新，实验室安全的操作规范得不到真正的贯彻执行；相关实验室技术人员缺乏应必备的安全素质和应急处理能力[1]。以上种种情况都为高等院校实验室安全管理埋下了隐患[2]。
2、管理体系不够健全，责权不清
高校实验室安全工作是一项涉及面极广的系统性工作，房屋建筑、仪器设备、水电消防、治安防护、保密、环保等都有涉及,关系到不同的职能部门[3],这就对高校实验室安全管理制度的建立提出了较高的要求。部分高校尚未建立从分管校领导直到基层实验室的安全管理网络，对实验室安全管理各个环节缺乏明确的责任落实，造成多部门交叉管理，责权不清，协调不通畅、应急处置不及时的混乱状况[4]。
3、管理队伍数量不足，专业素质有待提高
一支具有较强专业素养的管理队伍是保障实验室安全的必要条件。专用设备的操作、化学试剂的使用、废液、废渣、废气等废弃物的回收及无害化处理，防毒防辐射的正确使用以及水电安全使用等都需要具有相关领域专业素养的实验技术人员来实施。部分学校存在管理队伍人员缺乏，队伍专业化程度不高，专业素养不够以及有非专业老师甚至学生来担任实验室安全管理的问题。
4、资金投入不足
高等院校在自身发展过程中，资金的投入偏重于能带来效益的科研、实验教学领域，对实验室教学以及相关科研设备上投入较大，但对实验室安全管理方面的整体投入却十分有限。实验室安全防护所需配备的器材不足，部分器材不能按照规定及时更新，相关设施陈旧甚至不能使用，消防设施、环保设施不能满足要求，通风排气系统不完善，防毒防辐射设备及实验废弃物的回收无害化处理设备等缺失[5]，存在较大的安全隐患。