系统论认为，一个系统往往由无数个子系统共同协同而成，各不同属性的子系统通过彼此之间的协同配合来实现系统的有序运行。从系统论的视角看，学术期刊的融合应该包含点、线、面三种方式的融合，或者说，学术期刊的融合将经历“点”、“线”、“面”三个过程。
1．点的融合：学术期刊与新媒体之间的相互渗透
系统论强调不同属性的子系统通过彼此之间的协同配合和竞争关系使得系统的整个运行机制得以升华[8]。在点的融合阶段，学术期刊与新技术的结合，还只是点上的结合，即学术期刊在编辑出版发行环节各个节点开始逐渐利用新技术，开始初步与新媒体新技术进行融合。这一阶段的典型特点是新旧媒体之间界限清晰，但其业务范围开始相互渗透，开始出现你中有我，我中有你的现象。具体而言，这一阶段点的融合主要表现在以下几个方面：
（1）学术期刊与新媒体新技术之间的相互渗透。一般情况下，融合发展之初，是学术期刊与一些新媒体平台，如中国知网、维普期刊网等这些大型数据平台进行合作，把自己的数字版权交由这些大型数据平台，实现简单的数字出版。之后，随着数字化的进一步发展，一些学术期刊不再满足于简单地将数字版本提供给数据库进行数字出版的形式，开始尝试自己探索新媒体之路，如推出二维码服务、开发微信平台等。但是总体来说，在这一阶段，学术期刊与新媒体新技术的结合，还只停留在点与点的对接状态，即在编辑、出版、发行各种环节上某一结点上的结合，某种程度上可以说，这一阶段只是学术期刊融合发展的准备阶段，真正的媒体融合尚未开始。
（2）学术期刊与学术期刊之间的相互渗透。在媒体融合的大环境下，学术期刊已经开始意识到自身生存环境发生变化，除主动与新媒体进行融合外，也积极寻求内容方面新的突破。这个过程中，一些定位相似的学术期刊开始相互联合，进行战略合并，把自身内容的数字版本进行整合，打造一批新的网刊，如目前在知网首页以电子期刊形式出现的由国内几十家知名学术期刊联合组建的“中国高校系列专业期刊”，开创了学术期刊成功相互渗透的先河，成为学术期刊融合发展的典型范例。
目前大多数学术期刊的融合发展都处于点的融合阶段。
2．线的融合：学术期刊与新媒体的契约合作
随着媒体融合的深入，学术期刊和新媒体都不再满足于点上的渗透与合作，开始寻求更进一步的合作方式。双方合作开始进入“线”的阶段。这一阶段，学术期刊的编辑出版发行的各个环节都开始与新媒体进行全方位的合作。二者通过建立契约关系，进行战略上的长期合作。这种线上的合作主要表现为两种形式：
（1）一些发展较好的学术期刊，开始尝试以契约的方式与新媒体建立深度合作关系，双方以契约的形式建立合作关系，学术期刊负责按照市场的需要重新规划设计及分类生产自身的内容产品，新媒体负责期刊的出版发行和市场拓展工作。双方相互合作，利益共享。
（2）大多数学术期刊，由于自身发展规模和实力有限，无法与大型数据库平起平坐，直接建立契约关系。因此这些学术期刊可以首先通过一种联盟方式相互结合在一起，建立一种契约上的联盟关系，形成学术期刊联盟，再以联盟的形式与新媒体进行结合，形成一种总体上的契约关系。