新的《医院财务制度》要求医院要实行全面预算管理，建立健全预算管理制度，规定医院所有收支应全部纳入预算管理。随着该制度的出台，越来越多的公立医院开始重视医院预算管理工作，但仍然存在一些问题，使预算没有发挥其应有的作用。
（一）预算管理意识淡薄
由于制度上对医院预算规范时间较短，很多医院对预算管理存在意识淡薄的现象。一方面多数医院管理者对预算重视程度不高，没有成立专门的预算机构，或者预算机构形同虚设，预算管理工作没有落到实处。另一方面，医院其他科室的人员对预算工作认识不足，认为预算管理只是财务部门内部的工作，与自己科室无关，没有积极的参与到预算编制中来，而对于预算考核甚至有抵触情绪，使全面预算管理无法展开。
（二）预算管理体系不健全，编制不科学
健全的管理体系是实现医院全面预算管理目标，提高管理效率的保障，应包括有效的预算管理决策机构和预算管理工作机构。还应该有一套完整的制度，包括预算编制、审批、执行、调整、分析和考核等。而目前多数医院没有完整的管理机构，分工较为模糊；另外，没有完善的预算分析和考核制度，预算的调整和执行随意性较大，使得预算难以发挥有效的监控作用。
编制方法上，大多数医院采用的是增量预算，即收支预算在上一年基础上按一定比例增加，结果是未能充分考虑影响预算的其他因素，如国家的政策变动，上年收支项目是否正常，本年是否有临时新增事项等，最终导致部分预算指标不合理，预算与实际执行差异较大。
（三）预算执行力不强，缺乏有效的绩效考核
一方面，由于管理者对预算管理意识淡薄，往往只重视医院收支预算的编制工作，而忽视了预算执行结果的分析与考核，对预算执行异常情况未能及时进行分析，查明原因并找到有效的解决办法，导致预算执行力不强。另一方面，由于缺乏科学有效的绩效考核制度，没有将预算考核与奖惩挂钩，员工对预算执行的积极性较低，预算报告得不到其他科室的认可和重视，导致预算的执行力受到阻碍。