目前应用本科院校都有其相应的毕业设计管理环节和管理机制，但是实用性和可操作方面都存在着很多问题，主要体现在以下几个方面：
1.选题规定空泛，指导信息不明确。目前的选题规定大多是对课题性质、选题范围、选题过程的常规性规定,例如选题应符合专业培养目标及教学大纲的基本要求,应体现专业基本训练内容,有益于学生综合运用所学的理论知识与技能,有利于培养学生的独立工作能力等等。以上表述只停留在表面描述上,对实际选题内容无实质性指导和约束。
2. 题目陈旧，不能反映学科发展前沿。很多高校师资匮乏，导致教师每年要带大量的毕业设计，没有精力去了解行业企业发展，教师在毕业设计选题时，多年使用相同的题目，以完成教学任务为目的，而不是以学生兴趣，就业趋向性及应用型本科院校的培养目标等因素为驱动，这势必会造成课题陈旧不能反映行业企业发展的前沿，大多数题目是教师历年来经常带的虚拟课题，理论型强，但是实践性较弱，不能满足应用型本科院校的培养目标，无法为学生的就业提供有效帮助，不能满足生产实践的需要，这样的课题也会造成学生在毕业设计时主观能动性差，消极应付，从而无法保证毕业设计的质量。
3.理论分析类和仿真类题目占较大比例。由于近年来虚拟仿真的技术的迅猛发展，各校相聚开设了大量的虚拟仿真软件的学习，这类学习增强的学生的现代化设计理念，为学生进入生产设计起到了显著的推进作用，但是加强实践教学，强化应用型人才培养，是应用型本科的重要特征，毕业设计是本科毕业生四年的学习总结，更应该将所学理论运用于实践，更应重视学生工程应用能力的培养。年轻的高校教师基本都是硕士博士，毕业后直接来高校任教未参加过企业实践，这就势必造成他们具有很深的专业知识理论的基础，而缺乏实践生产经验，加之应用型本科院校的转型刚刚起步，大多数应用型本科院校实验设备陈旧。这些因素直接导致毕业设计中的理论分析和仿真类题目占据了较大的比重，大量虚拟仿真及理论研究题目的出现势必减弱学生实践能力的培养，和学生的实际水平及应用型本科的培养宗旨不相吻合。