（一）心理健康教育师资短缺，教师水平良莠不齐
2017年教育部颁发的《高校思想政治工作质量提升工程实施纲要》中提出按照师生比不低于1：4000配备心理健康教育专业教师，但是当前很多高校尤其是职业院校心理健康教育师生比不足1：4000，而大学生心理健康教育课程是一门专业性很强的公共必修课，要开设这样一门课程需要相当数量的教师，但是高职院校里经过专门训练的心理健康教育教师数量有限，根本满足不了课程开设的需求，因此很多高职院校的大学生心理健康教育课程都是由辅导员担或思政教师担任，这就造成教师水平良莠不齐的现象。
（二）大班教学，课程实践性和体验性不强
大学生心理健康教育被要求开成一门公共必修课，但是很多高校由于师资和场地的限制在开设时往往是大班授课，很多实践性和体验性的活动在大班课堂中无法开展，教师授课时就只能选择填鸭式教学方法，课程的实践性和体验性就被忽略。
（三）课程开设的针对性不强，无法满足学生个性化的心理需求
高职院校大学生与本科院校大学生的心理问题都呈现阶段性，但高职院校大学生在校时间为三年，因此其心理问题的阶段性与本科院校的大学生就有所区别。高职院校大学生大一时被高考失败的阴影所遮盖，学习缺少动力，人生没有目标，不能适应新的大学环境；大二时对专业没有兴趣，产生厌学情绪，情感、恋爱问题也接踵而来；大三时面临巨大的就业、升学压力，产生明显的两极分化。但是大学生心理健康教育课程的授课对象是大一新生，他们面对的问题更多的是如何适应大学生活，而该课程的内容涵盖了大学生在大学三年所遇到的所有问题，课程开设时间的针对性不强，因此无法有效帮助大二和大三学生解决心理问题。另外，由于大学生心理健康教育课程是一门公共课，很多高职院校在考核时都选择考查，考查课一般比较容易通过，这也容易造成学生对该门课程不够重视，学习积极性不高。