（一）适用对象缺乏针对性
部分高校出台的学术道德规范文件，主要适用于教职工和科研人员等学术群体。专门针对本科生和研究生的文本还有所欠缺。高校对于本科生学术道德教育更侧重论文撰写格式上的问题，并没有专门的学术道德规定，有也仅限于在规范所有学术人的文件中捎带而过。在研究生群体教育方面，单独为研究生群体设立的规制体系很少，有些高校并未制定专门的学术制度来规范其学术行为，而是作为学术人的一部分在综合性文件中有所提及，这些文本对研究生在学术活动中的特殊性考虑不足。
（二）对“一稿多投”的认定存疑
高校将“一稿多投”认定为学术不端行为。而在实际学术活动中，学术人将其学术成果投稿到该学术道德规范联合制定机构之一时，也会向这些机构之外的期刊社投稿。有些学者表示，论文发表具有不确定因素多且发表周期过长的特点，“一稿多投”可能是个合适的“技巧”。另外，在投稿人虽然一稿多投但没有一稿多发的情况下，很难取证“一稿多投”。所以高校将其划分为学术不端行为实际上缺乏对证据的可采集性，在调查处理过程中也欠缺必要的可操作性。因此，在界定违规行为时，还是应多结合实际情况。
（三）处理程序参与主体单一
高校的调查和处置程序实行保密原则的居多，但如果证实有学术不端行为继续保密反而不利于警醒其他学术人。也有高校在处理程序上实行公开规则，如南昌工程学院的《江西省高等学校学术不端行为调查处理规程》第六条规定“高校应当委托学术委员会组织复议，必要时可另行聘请校外专家组成不少于5人的专家组或召开听证会对异议内容进行调查认定[9]。赣南师范学院在《赣南师范学院硕士研究生学术不端行为处理暂行办法》中指出“对在校研究生，根据情节轻重可给予批评教育、延缓答辩、取消学位申请资格等处理，并在全校范围内公开处理和处罚结果”[10]。召开听证会或者对证实存在学术不端行为者采取一定范围内公开审理，让广大师生不再处于边缘化的境地。高校应当在一定范围公开受理学术不端事件，让基层的学术人员真正的参与到学术管理中去。