1857—1865年间，马克思先后写出三部篇幅巨大的手稿，即《经济学手稿（1857—1858）》、《经济学手稿（1861—1863）》和《经济学手稿（1863—1865）》。这一时期马克思批判资本主义经济自由的著作主要包含在这三部经济学手稿中。他在这些手稿中基本上都涉及到对资本主义经济自由问题的批判，但是每部著作的具体思想观点具有一定的差异性，经历了一个逐步深化的过程。可以说，他的经济自由批判思想在这一时期才真正得到了发展，具体表现为他对资本主义自由贸易和自由竞争的批判。
马克思在《经济学手稿（1861—1863）》中，称赞魁奈的一个重大理论成果就是研究了一国范围内资本的再生产和流通过程。魁奈把收入的起源、资本和收入的交换、生产者和消费者之间的流通等等都纳入到《经济表》中，对马克思制定再生产理论产生了重大影响，马克思对资本主义经济自由的批判也在这一分析范式中显现出来。
马克思在《政治经济学批判导言》中详细地叙述了政治经济学的对象和方法问题，从中可以推断马克思批判资本主义经济自由的研究目的和这一批判在其政治经济学批判中的理论方位。马克思指出：资产阶级经济学家往往把分配关系当作政治经济学的研究对象，他们认为只有分配方式才会发生变化，因而割裂了生产、分配和交换等再生产过程的内在联系；图克的《价格史》以及英国一般的论述流通过程的著作，则把流通视为真正有些新发现的唯一领域。马克思从唯物史观出发批判了这些观点，精辟地阐明了生产、分配、交换和消费之间的辩证关系。“摆在面前的对象，首先是物质生产。”[《马克思恩格斯全集》（第30卷）[M].北京：人民出版社.1995年版，第22页。]马克思强调物质生产在再生产过程中的决定性作用，他把生产关系当作政治经济学的研究对象，并运用这一观点来分析资本主义社会。马克思认为，分配、交换和消费只是生产的要素并且包含在生产之中，一定的生产决定分配、交换、消费和这些要素之间的相互关系。可见，自由贸易（流通）、分配和自由竞争等经济形式归根结底是由一定的社会生产关系和生产方式决定的。马克思在《经济学手稿（1857—1858）》中分析了资本的再生产过程，第一次揭示了资本主义剥削的实质。他指出资本主义生产方式的基础是资本家对工人创造的剩余价值的无偿占有，这就是资本主义生产方式的内在规律，而自由贸易、自由竞争只不过服务于资本主义生产方式和生产关系发展的需要。