物流工程专业研究生教育的培养目标，是培养具备物流学、运筹学、管理学、交通运输组织学、运输经济学、运输商务管理等基本理论和基本知识，适合于物流企业、交通运输企业及机械或电子制造企业、科研院所、政府机构等部门，从事物流系统规划与设计、物流技术设备和物流自动化系统的设计与集成、物流系统运行与维护的复合型、应用型的高级工程技术与管理人才。在国内同类专业中创办较早，在物流工程领域具有重要的地位和影响。物流工程专业人才要求较高的理论和实践能力，尽管物流教育面临着巨大的挑战，但物流工程专业研究生的学术教学也存在许多不足之处，总结为以下三个方面。
到目前为止，第一个被物流企业和学生们关注的问题是缺乏相关性和实用性。教育工作者仅通过一本书教学，而不了解当今的热点话题、实践的创新和“热门”案例时。我们的许多主要教科书的开发和出版需要一定周期，无法及时反映物流工程产业的快速发展的变化，特别是其中一部分内容都是传统课程，它们对于学生基础知识体系构建非常有价值，但在工程实践领域却很难起到一定的作用。除此之外，物流工程专业的书籍借鉴了大量的美国或者日本的案例，面对我国物流产业的发展，这些案例的成功具有一定的环境局限性，有些内容不符合我国的商业特点，并不适合我国的学生学习。
第二，从物流企业的视角，物流工程专业的研究生阶段教育缺乏培养实践和专业技能的课程。人们常说，年轻人从学校毕业到企业工作的工程中，需要转变观念重新学习。物流企业在研究生入职后会进行岗前培训和在岗培训，但在实际上这些人才培养项目耗费了大量的企业经营成本。因此物流企业对高等院校研究生教学质量水平提出了质疑，而且从根本上质疑了公共投资在教育机构中的有效性。同样，如果我们只教授教科书的内容，通过试卷考核等客观课程评价方法，只能让学生们记下物流专业的相关理论，而不能够让学生们在实际工作中学会应用知识。
第三，学术型学生经常因为他们较差的科研能力而受到批评，尤其是那些参与评审硕士毕业论文的教师。当然，这些项目本质上都是教育性质的，但最终这些项目也是对学术能力的检验。然而，通常这些学术研究项目超出了研究生学习计划的时间，因为学生们需要大量时间研读专业文献，学习研究的范式以及论文写作的技能，同时还要学习专业的相关理论和方法。学生对于传统的学术研究技能的掌握，普遍分配时间不足，但又期望完成学术论文的撰写，因此更好的关注研究生学术研究能力的培养显得尤为重要。