第一，专业知识结构单一。目前审计人员中会计审计背景居多，这符合传统审计对审计人员能力素质的要求，因为最早最普遍的审计类型是财政财务收支审计。但是随着综合审计业务的增多，新兴审计类型的出现，审计机关不仅需要会计审计人才，对于法学、计算机、环境学、金融学、外国语的需求越来越强烈，一专一能审计人才已无法适应工作要求，专业复合型人才才是审计机关选拔培养的人才方向，比如经济责任审计对于政策法规知识人才有着强烈需求，环境审计要求审计人员对环保知识有所了解，外资审计对于审计人员的外语水平提出了更高要求。
第二，综合分析能力较低。审计人员在工作过程中擅长查找违规金额和发现违纪线索，缺乏一定的逻辑推理能力和决策判断能力，没有透过现象看本质，分析问题背后深层次的原因，也就是当前的审计人员大多止步于发现错在哪里，不去追究为什么错以及错的根源。审计人员必须从宏观经济大局出发，针对屡审屡犯问题，查找分析是否存在制度上的缺陷、体制上的障碍和管理上的漏洞，为领导机关的政策制定和管理决策提供依据。
第三，职业修养有待提高。对于审计执业人员，独立、客观、公正、保密、审慎、廉洁都是对其职业修养的要求，然而许多审计人员在工作过程中受到逐利思想的控制，在利益机制的驱动下出现了严重的道德偏差，自愿或者被迫发表不恰当的审计意见，掩盖违法违纪线索，甚至泄密给国家安全和利益造成极大危害和不可估量的损失。因此，审计人员的职业道德和素质亟待提高。
第四，审计工作经验不足。现在审计机关的人事进入渠道较为复杂，除了考试录用人员，还有大量的军转人员和从行政、企事业单位的调入人员。考试录用人员是按审计机关对审计人员的要求遴选出来的，其专业和学历相对符合要求，但是一些应届毕业生工作经验略显不足；军转和调入人员虽然已经有一定的工作经历，但是其工作经验一般与会计审计不对口，其文化程度、知识结构、业务素质不能满足审计机关意愿和审计工作要求，需要较长时间的培训、学习和实践才能适应审计工作。