（一）自然资源利用率低
1、海域利用不均衡。我国海水养殖业对于海域资源的利用，从空间上划分为海上、滩涂及陆基三种方式，从上述分析中可以看出，我国海水养殖业的生产经营活动半数以上为对海上水域的利用，进一步从池塘、筏式、吊笼及普通网箱养殖的面积分析，可以看出我国海水养殖业多为对近海海域利用。近海资源原始的禀赋性即养殖活动对近海资源获得的高便利性，导致海域空间利用的不均衡。长期形成的对近海海域的依赖，极易造成近海养殖集聚所带来的污染集聚，养殖环境恶化进一步引起资源投入的增加而养殖产量的下降，结果表现为生态经济问题突出。另一方面，近海养殖的生产惯性，会在一定程度上阻碍深远海养殖技术及陆基养殖的发展，导致海水养殖产业发展水平滞后。
2、养殖方式落后。资源利用率的高低，在很大程度上依赖于技术水平的高低，海水养殖方式是养殖技术的重要体现。养殖主体沿海开展生产经营活动，养殖地域分散，养殖资金缺乏，养殖规模相对较小，如此导致占据养殖主体多数的个体养殖户采用的养殖方式落后，多为传统的池塘、筏式和吊笼养殖等，而网箱养殖、工厂化养殖等集约化养殖方式采用比例小，养殖技术水平低。传统养殖方式，在养殖主体对产量的过度追求下，多采用粗放式的生产经营手段，如盲目提高养殖密度，加大养殖饲料等的物质投入及药物施加的程度，会增加养殖水域的环境压力，极易导致养殖品种数量损失，养殖产品质量下降，养殖经济效益低下。提升养殖方式水平，提高养殖手段的集约化程度，对于海水养殖业的发展至关重要。
（二）产出水平有待提高
从上述分析中，可以得到我国海水养殖产量呈现出逐步上升的趋势，2016年的养殖产量较2007年增加655.8万吨，增长50.2%；我国海水养殖面积也呈现出整体增长的态势，2016年较2007年增加83.5万公顷，增长63%。海水养殖产量与海水养殖面积的增长幅度大体一致，甚至养殖面积的增长幅度高于养殖产量的增长幅度，说明我国海水养殖产量的增长依赖于养殖面积的增加，也即我国海水养殖业的单产水平增长很少，甚至是不变或减少的，而实际2007至2016年我国海水养殖的单产趋势线是接近于水平线的负斜率线。单产水平是生产效率最直接的衡量，我国海水养殖的单产变化趋势说明我国海水养殖的生产效率较低，也就意味着海水养殖对自然资源及经济资源的消耗多，生产经营投入过多而产出不足。