1.申请专项资金过于盲目，缺乏合理性
专项资金的申报方式较其他资金有很大不同，很多高校为获得更多的专项资金，各部门会绞尽脑汁，尽可能的申报项目。很多项目在申请之前，并没有详细规划，也并未做相应的市场调研，以及精准的项目的可行性分析。在上报专项预算时，随意性很大，并未考虑相关预算项目对于专项资金的使用及评价的影响。这些现象使得有些项目与专业相脱节，与学校发展相分离，更有部分项目重复申报，项目绩效评价过低；另外，为了防止下达预算时预算数额被调减，个别部门个别项目在申请时，过分提高申请数额，夸大预算用途，使得专项资金不能得到有效的配置，在后期的执行过程中，部分项目负责人为加快进度执行，往往不能考虑资金使用的效率，一味追求支出，造成专项资金的浪费。
2.专项资金申报项目评审流于形式，缺乏客观性
相关部门在专项资金评审过程中，并未对申报项目进行实际、严谨的项目调查研究，论证其可行性和科学性，常常是根据以往的经验或参照其他高校相似项目的评审标准，在申请数额上作适当的调整，评审过程流于形式，带有很强的主观性和随意性。
3.专项资金管理职责不明，缺乏监督和内部控制
大多数高校并未建立严格专项资金管理分权制度，没有规范的文件对此进行详细的规定。有的高校财务专项经费管理中忽视职能处室的管理监督功能，将责任和管理的重任压在财务部门，导致项目执行缺乏事前监督，审计、评审时问题重重；项目负责人在项目的执行过程中盲目支出，没有整体时间规划，导致项目执行前缓后紧，部门预算资金由于时间问题无法支付，浪费资金现象严重。
4.专项资金财务报销管理缺乏特殊化管理
专项资金视项目类别不同而有明显不同的管理办法，部分高校的财务部门没有对此建立严格的经费管理条例，导致经费不能达到预期的使用效果。报销细节问题颇多，主要表现在分项预算超支或大比例资金无法支出，大项目的项目负责人对项目支出情况不了解，不掌控，没有实行项目支出记录制度，导致超支、串项、错支等问题发生。项目结题时，各种支出的问题就凸显出来，导致项目绩效评价低。