1.科研绩效的评价理念落后 
评价理念的落后主要表现于，评价者对于科研绩效考核的不重视，从而产生了一系列的消极现象，具体表现如下：于社会表现在，社会的发展处于落后阶段，国民对于科技创新的理念认识不够深刻到位，没有具体的成果和表现或很少有，从而影响了经济的创新发展和结构调整；于企业表现在，许多企业把这个考核不是作为一种促进企业发展的鼓励和奖励机制，而是把这个考核看成一种负担，认为科研考核没有成果或者奖金发出去，就好像任务没有完成，就习惯找个借口把这个考核奖金或成果发出去，匆忙的完成评价，使得评价成了一个多少有些名不副实的项目，并没有发挥促进企业发展的作用。同时，企业少了一项考核自己员工水平的标准，有才能的员工少了一个机会被发现，可能会使企业失去一些有才能的员工。使企业在发展的速度上，处于落后的地位；于个人表现在，评价者的不重视，导致评价的人员对于发展科研成果持不积极和观望的态度，有才能的人的发展受到限制，没有才能的人也能高枕无忧。
2.对于科研绩效评价过过程中忽视了发展性评价
科研绩效评价的过程中，很多时候过于强调了奖惩性的评价，而忽视了发展性的评价。奖惩性的评价主要表现在评价之时注重对科研结果的关注，忽视了科研人员在进行科研的过程中提出的建设性和有效性意见。奖惩性的评价方式在一定程度上可以解决科研人员奖励津贴的评定问题，但是却缺乏对于科研人员在未来发展和优化方向上的指导性评价。在很多时候会出现被评价的科研人员对评价过程出现负面情绪，影响了评价的可行度和可信度。发展性评价则会更加全面的关注科研人员的发展状况，所以，忽视了对于科研人员的发展性绩效评价不利于科技的快速发展。