自古以来，中国就是一个人口大国。历朝历代政府都把人口管理特别是流动人口管理作为行政工作的重中之重，也探索出了井田制、连坐制度、保甲制度、黄册制度等大量行之有效的管理制度，最大限度控制人口流动，维持国家稳定和社会秩序。新中国建立后，随着户籍制度逐步建立，重点控制农民盲目流入城市，人口管理呈城乡“二元”格局。改革开放以来，随着市场经济的不断深入，市场这只“手”的作用得到充分发挥，各类社会生产要素，特别是人口流动空前活跃，大量的农村流动人口涌入城市。大量流动人口给城市带来丰富低廉劳动力的同时，也带来如大量人户分离造成社会管理盲区、市民化改革滞后蕴含社会冲突风险、农村空心化和家庭分离风险并存等社会亟待解决的问题。流动人口管理向流动人口治理转型还面临诸多难题，导致共建共治共享社会治理格局还难以形成。
1.从治理主体来看，政府管理多而社会组织协作少
当前，我国已初步形成“党委领导、政府负责、社会协同、公众参与、法治保障”的共建共治共享格局，但在流动人口管理方面，政府“单打独斗”的管理模式很大程度上还游离于社会和市场之外，多元治理主体作用还没有充分发挥，尤其是社会组织参与流动人口治理的作用发挥很不明显。社会组织在现代社会管理中能够有效弥补政府管理的不足，不仅在劳动就业、教育培训等领域内为流动人口提供相应的服务，而且可以通过沟通协商机制，合理表达流动人口的利益诉求。尽管近几年来出现了一些如“流动人口教育与行动研究中心”、“新市民生活馆”等服务于流动人口的社会组织，也出现了如“外来人口协会”、“新市民亲情理事会”等开展流动人口自我管理、自我服务、自我教育的流动人口自治组织，对提升流动人口管理水平，促进社会融合起到了一定的作用，但总体来说，其作用发挥十分有限，流动人口参与度小、协同治理的成效并不明显。
2.从治理过程来看，行政命令多而协商协调治理少
首先，政府部门之间的协商协调较少。目前涉及流动人口管理的部门很多，公安、劳动、工商、税务等部分都在其中，部门之间缺乏详细的职责划分、必要的监督和通畅的交流和协调机制，使得部门之间交叉管理、重复管理等弊端严存在，提高了行政管理成本，也造成了管理资源的极大浪费。同时，社区协商协调的制度和平台缺乏。习近平总书记强调，流动人口多是社会治理的一大难题，要拓展外来人口参与社会治理的途径和方式，发挥外来人口积极性，共同营造良好社会秩序。尽管广东省广州市采取吸纳来穗流动人口承担社区党组织委员或居委会委员，成立社区共治议事会，搭建社区开放性民主协商平台等方式提升流动人口在公共事务中的参与力，但就全国而言，如何发挥社区党委的统领作用和基层社区居委会、社区服务中心的力量，提升流动人口对社区的归属感，搭建流动人口参与公共事务治理的制度和平台还十分欠缺。