（一）决算报表的全面性有待完善
当前的财务决算报表主要由收入支出决算总表、财政拨款收入支出决算总表、收入决算表、支出决算表、资产负债简表、填报说明附表、省本级补充表等构成，在报表数量上确实很多，在一定程度上也能提供必要信息，但对不同的报表使用者而言，仍然不全面，比如对在一定会计期间现金和现金等价物的流入流出信息不能反映；对单位的基本建设业务只能反映资金运动的一部分；在报表中不能找出关于教学四项经费、科研经费投入支出的相关独立数据等。
（二）决算报表的真实性有待提高
正常来讲，财务决算报表应该是单位财务执行结果的真实反映，但很多单位在财务决算报表编制的过程中，只注重上级财政部门的审核要求，而忽略财务数据的真实性，为了审核通过，随意修改报表数据，造成账表数据严重不符，同时财政部门在数据审核时，对经济分类科目审核并不严格，也造成报表数据随意性较大，横向不具可比性，不能真实反映单位的实际情况。
（三）财务决算报表公开的完整性、及时性有待改善
目前高校财务信息公开工作整体并不乐观，主要表现在两方面：一是公开信息零散不完整。很多高校虽然公开了决算信息，但公开内容并未按照上级要求完整公开或没有设定明显的信息公开专栏或发布的信息链接无法打开；二是信息公开不及时。按照部门决算管理制度要求，各部门应当在决算批复后20日内通过网站、政府公报等便于社会公众知晓的方式公开部门决算信息，但试问有几家高校能严格做到，很多高校决算都批复了很长时间仍未公开，使信息查询使用者无法及时获得，弱化了社会监督力。
（四）对决算报表质量的审核力度有待强化
在上级主管部门及财政部门对决算报表进行审核时，只注重报表本身的公式及完整性审核，对报表数字的合理性、真实性及背后反映的问题缺乏关注，这也导致很多高校年底决算就了为了完成决算而决算，对决算报表反映的财务问题、账务问题、资金问题全然不顾，失去了报表本身所起的总结反馈作用。同时现阶段的报表审核基本停留在审表阶段，对报表背后的真实性缺乏实地考核，也没有追责制度，造成报表填报失实，账表不符，账实不符，使国家经济决策、资金投向、宏观调控的依据来源没有了坚实基础，在一定程度上影响了资金的使用效能和高等教育的健康长远发展。