要建立强有力的工作领导机构，各地区可以成立由主要领导任组长，各相关单位一把手任成员的改厕工作领导小组，这样有利于调动有关各方力量推动工作的有效开展。其次，要建立科学有效的运行机制，改变过去“重建设，轻管理”的情况，实施城乡环卫一体化管理。实行“政府主导与市场化相结合、保障群众利益和发挥生态效益相结合”的管护机制，实行社会化公司化运营，确保改厕长期发挥效益口。最后，要强化监管考核。要把改厕工作作为政府年度工作考核的重要指标，对一些地区好的做法和经验及时进行总结和推广，对工作落后地区政府部门负责人进行约谈。
河北邯郸市鸡泽县等三个县的改厕就从组织形式、资金安排到招标采购、监督管理方面为我们提供了很好的范例。
鸡泽县等三个县利用中央补助地方公共卫生专项资金225万元，在涉县、鸡泽县和磁县三个项目县按照全国爱卫办推荐的卫生厕所类型，建设双瓮式和三格式无害化卫生厕所，本着因地制宜、经济适用、农民接受的原则，选择适合本地区的卫生户厕类型加以实施。它们在农 村改厕项目县、乡（镇）和村，全面开展健康教育工作，设立固定卫生宣传栏、刷写农村改厕墙体标语，利用集市向农民发放农村改厕宣传画和明白纸，宣传卫生知识，让农民认识到改建卫生厕所的好处和正确使用卫生厕所的方法。并且在改厕项目村组织开展环境卫生综合治理，清除柴草乱放、粪土乱堆、垃圾乱倒、污水乱泼、畜禽乱跑等现象，进一步显现改厕效益，更好地发挥示范作用。3县还举办了农村改厕技术培训班，培训基层改厕技术人员和健康教育宣传骨干，提高工作人员的技术水平和工作能力。为每个项目要建立了一支改厕技术指导队伍。
浙江温州市2018年需要改造9000余所农村公厕，改厕数量庞大，面对改厕过程中容易出现的问题，政府部门也在进行积极的探索，找出创新性改革方案。市政府先将公厕层层分解到各县(市、区)、各乡镇(街道)、各行政村，进行摸底调查，确立了分别按照对标、提升、补缺等三种建设方式，其中大部分为对标和提升的方式。面对改厕补助资金短缺，社会资本参与，基层自筹、众筹难度大的问题，委员提出，要加大政府财政支出并通过以奖代补形式发放至乡镇，激发各地在农村公厕改造提升上的积极性。可将一些景区内或周边的农村公厕，以村集体承包的方式运营，既可以起到日常维养的作用，又解放了政府部门的压力。同时，如果资金有限且条件允许，还可以通过政府购买服务的方式，对需要新增的厕所采用新型环保移动厕所。移动厕所建设快速、便捷、环保、智能，只需提供一小块地方就能立刻完成规范化的建设，不会影响群众、不会破坏环境，体现了生态环保理念。同时它能够24小时开放，方便周边群众。对于公厕后期的维护问题，提出建立档案管理制度，以“一册一档一表一案”模式，全程计划管理，在长效管理方面，还要注重科技化，探索手机app、创新二维码扫一扫智能管理服务技术在厕所管理中的应用，利用大数据系统实现电子地图找厕所功能。