生源问题：民族地区一般来说地理位置较偏，经济情况不会太好，科技发展也不会太先进，再加上农林院校本身的行业局限，使得其在研究生招生过程中存在天然的劣势。而自国家实施211、985乃至目前的双一流工程以来，中国高校比以往任何时候都更清晰地分为不同的档次，学生比任何时候都更渴望到更高等级的大学深造。因此，民族地区农林院校的计算机专业研究生的生源，主要依靠调剂或者是本校本学院学习成绩中上，但又希望获得更高学历，争取更好就业机会的学生。
招生过程存在的问题：由于历史原因，民族地区农林院校的计算机专业建立时间普遍不长，学科点的建立时间往往更短，一般不是老牌优势学科。学科相对年轻，学科实力不强，学科与其它优势学科结合不够紧密，在本校竞争力偏低是目前民族地区农林院校计算机专业学科点的基本现状。而基于这种现状，在人才引进，学科建设方面往往容易受到校方的忽视，在划分招生名额时也常常受到其他优势学科的挤压。
2.培养目标与定位的问题
由于民族地区农林院校的计算机专业招收的学生主要以调剂或者以本校生源为主，在知识基础与动手能力方面往往存在一定的缺陷；同时，由于招生数量少，为所有研究生制定统一的培养目标往往不够具体，而单独为每个研究生制定独立的培养目标也不切合实际。因此，根据学生的水平、个性特征制定分级分类培养目标成为必然。但目前多数民族农林院校的计算机专业研究生培养目标单一，缺乏因材施教、分类培养及分流淘汰机制。
3.课程设置问题
由于培养目标的单一和缺乏可操作性，加上人数较少，课程选修基本上失去意义（选修人数太少，不允许开课），民族地区农林院校的计算机专业研究生的课程设置往往比较笼统统一。统一的课程设置一方面方便管理，另一方面造成学生所上课程与研究方向脱节，上课内容对培养学生的研发能力缺乏支撑。
4.培养过程控制问题
由于培养目标单一，民族地区农林院校的计算机专业研究生的培养过程管理往往比较粗放。学科统一管理的时间节点一般只有上课、开题、中期考核与答辩等少数几个时间点，对中间的细节管理一律下放给导师。因此，阶段细分不够细致，细分阶段目标不够明确，细分阶段目标考核指标与手段缺乏也是当前民族地区农林院校的计算机专业研究生培养过程中存在的主要问题之一。