通过高校校内巡察的实践，大家在巡察方式方法、利剑作用发挥等方面有了更深的认识，对巡察工作的高标准、严要求、硬作风也有了更深的体会，但同时也存在一些不足之处，亟待完善规范。
1.政治巡察意识有待进一步加强。高校的校内巡察，从根本上而言，来源于党内监督条例中所规定的巡察制度，这一巡察，从本质上而言，是政治巡察，应当根据党的建设“六围绕一加强”的总要求，以党章党规党纪为尺，加强党内监督，以问题为导向，重点发现被巡察领域在党的领导、党的建设、全面从严治党等方面的问题，目的在于强化主体责任意识，共同推进主体责任的落地，促进全面从严治党落细落小落实。但是，在高校巡察工作的实践中仍然存在职能定位不够清晰，把政治巡察等同于业务巡察，把党委巡察混同于纪委监督责任，混淆巡察与督查、巡察与执纪审查的关系的情形。
2.巡察广度与深度仍显不够。巡察广度不够主要指学校廉政风险关键领域很多，如何实现一定周期内的全覆盖，做到“横向到边”，需要事先做好统筹安排，特别是对一个具体的高校而言，无论从人员安排上还是工作强度上，都会是一个不小的挑战；巡察深度不够主要是指学校关键领域存在众多关键环节，如何准确把握每个关键环节，以及把握住关键环节后能否有效的进行巡察，同样对当前高校的巡察工作提出了更高的要求。况且随着经济与社会的发展，许多新的问题也层出不穷，比如当前高校的基建工作采取的是代建制模式，学校监管部门是否有权对代建单位进行监管以及如何进行有效的监管都需要建立新的应对之策。
3.专业性人才相对缺乏。上海市教卫党委提出的“2+4+4”重点领域，指“两个责任”落实、二级院系党组织作用发挥、校属资产管理、后勤保障、基本建设、科研经费管理、财务管理、招生录取、校办企业、专项资金使用管理共计10个方面。这些领域，从校内巡察的角度而言，都应当是需要涉及的领域。由此可充分说明，巡察所涉及的领域非常广、种类行业也各有不同，所需的专业性知识要求极高。而在现有组建的校内巡察队伍中，十分精通财务审计、建设投资、工程项目等专业知识的人才相对紧缺，且有关部门的工作人员在掌握政策法规、巡察经验、档案资料管理等方面缺乏必要的培训，导致找准工作的切入点相对也比较慢；即使是接受过短暂的培训，工作开展过程中也存在不够规范之处，需要进一步理顺并加强队伍建设，以期提高巡察的质量。