在当代，大学要保持自己的独立性可能不再需要流血和牺牲，但也不会轻易获取。迫使大学改变的各种力量依然存在。随着大学各种职能的完善和重要性的发挥，大学的内外部联系进一步加强，社会对其控制的欲望也会增强，大学就像一艘巨轮处于社会的汪洋大海之中。政府、党派、经济团体等各种势力总想插手大学，将大学当作争夺的对象，并在大学中换取功利。[ 丁三青.论大学复兴[J].高等教育研究，2004（5）:18.]
大学始终是一座开放的堡垒。从治理的角度看，大学既要有守护的边界，也要有对外沟通的渠道。一方面要树立必要的保障措施保护自己不受外界的干扰与侵蚀，保持自身的独立性，力求在市场和资本的运作大潮中自觉地保持一种学术性，守护着对精深知识、高雅生活和高尚品德的追求。另一方面，在与市场和社会的沟通与开放中，适应社会的需要，保持与社会同步前进。自治的大学必须在“完善高深学问和解决社会问题”之间保持一种平衡，实现内外协调。在这种平衡与协调中大学需要对话的平台，需要集体的智慧，更建立自我保护的制度和机构。
根据我国法律规定，高等教育事业由国务院统一领导和管理，教育部和地方教育行政管理部门代表国务院和地方政府对高等学校进行管理。但在一个民主文明和问责加剧的时代，面对如此庞大的教育规模、如此复杂的教育活动，教育行政管理部门能在哪些方面、哪种程度上对高校进行规范、指导和保护需要认真推演，反复实践。教育是一种无比复杂的活动，既有战略性目标，又有细节性的具体操作；既可能一帆风顺，也可能波折反复。政府与高校的管理真实边界不是简单地靠文件或政策决定，而是经过反复的实践、争夺和让渡实现的。特别是随着高校办学自主权的逐渐落实，政府权力下放过程中容易出现的某些“权力真空”由谁来弥补，如何做到收放自如，相互配合，这是一个需要反复实践的问题。对于政府而言，这种放权不仅仅是给予多少资金、政策或权利，而是允许给予对话的空间，让大学站在可以与自己博弈的位置上，慢慢成长。这种大学才能慢慢地学会自己做主。政府不是大学的父母，而是大学的朋友，不是供给吃喝并严加管教，而是尊重大学的发展与自立，让大学成长起来。
在当前，我国大学的自主能力相对较弱，在治理方面，各高校都面临着前所未有的困难和挑战。当高校从政府管理中解放出来的时候，难免会产生“自由的恐慌”和“自由的放纵”，出现各种失误甚至违法违纪现象。政府也会在通过各种措施实现权力回收，在放权的道路上观望徘徊。大学南方科技大学的创新之举遭遇了种种困难，校长朱时清认为自己是妥协最多的校长：“因为理想高，我妥协了很多，成了妥协最多的校长。”[ 朱时清：当妥协最多的校长因为理想高这说明，大学的自治与自立不会一帆风顺，而是会受到各种因素的无形制约。从思想到制度都需要不断改革，而且还面临着各种自主权利可能被收回的尴尬。对于在自主权获取方面处于弱势大学而言，自主的道路险地丛生，困难重重。如果再不能合理规范，科学管理，通过艰苦努力获得的些许自主权力都可能逐渐丧失。大学的自主权之路，绝不仅仅是“要权”这一途径，如何掌权、用权在以后的发展过程中显得尤为重要。而且大学作为我国高等院校的领头人，是国家对教育权力调整的试验田，其行为和效果将决定着高等教育及学校权力博弈的走势，不可谓不重要。因此，管理“自律”将是展示自身能力和成熟度的重要标志。