近年来，我国农村金融发展虽然呈现具有速度快、成效大等特点，但仍是我国金融体系发展中薄弱环节。主要表现为农村金融服务覆盖面虽日渐扩大，但金融机构创新力及金融产品及服务质量等方面存在不足，由于不同地区农村经济发展存在巨大差距，农村金融市场稳健发展态势尚未形成。我国农村金融发展过程中普遍存在以下问题：
（一）农村金融资金供给仍存在缺口
近年来，在政府积极引导下农村金融资金供给能力日渐得到提升。2017年银行业金融机构农业贷款已突破30余万亿元，但目前我国农村金融发展仍存在超3万亿的资金缺口[3] 。表明现有农村金融机构规模及资金供给能力仍无法满足农村经济发展的需求的问题将长期存在，由于银行金融机构对涉农业务的资金投入力度不强，其他金融机构进入的积极性不高等因素的制约导致农村金融发展的资金供给缺口在短期内无法得以缓和，农村金融难以实现持续蓬勃发展态势。
（二）农村金融机构创新发展能力薄弱
当前，农村经济发展金融需求难以得到满足主要表现为农村金融机构所提供的金融产品及服务单一，无法满足农村经济个体发展的多样化、个性化需求。长久以来，银行类金融机构对开展涉农金融服务呈现消极状态。涉农信贷规模小，成本高及风险大导致银行只从农村吸纳资金，出于规避风险原则未向“三农”投放相应比例的贷款资金及金融产品服务，导致原本用于农村金融市场发展的资金流失。目前农村金融机构开展涉农金融服务主要涉及存款、汇款等传统业务，现有的涉农担保、理财、保险等新兴产品及服务无法满足农村经济的发展需求。
（三）农村企业及农户信贷问题突出
涉农贷款作为缓解涉农企业及农户在从事农业生产销售过程中面临资金短缺的重要手段，由于涉农企业在规模上的局限性及农户自身的特征，导致信贷方面问题日益突显。主要表现为：首先，涉农贷款不良率高。涉农企业及农户需应对自然灾害及农产品价格不稳等不可控的因素外，对自身还款能力缺乏正确认知。在金融风险管控能力及个人还款能力双缺失的情况下，涉农企业及农户对收益分析能力有限，从而导致资金周转困难无力偿还贷款；其次，农村金融信贷违约成本较低，缺少必要的法律规范，违约执法过程中缺少必要法律依据。农村信贷老赖事件频发，不仅削弱金融机构对农村金融市场的投入热情，更导致大量资金流失。
（四）农村金融发展瓶颈难以突破
随着国家推动农村经济发展的相关政策的有效实施，目前我国现代农业进程得到了一定程度的推进，无论是组织结构、经营规模与传统的农业相比都有了大幅度的进步与提升。金融扶持作为我国农村经济发展保障力量，农村金融机构迎来更大挑战，金融机构需从提供传统的金融服务转变为构建互联网平台、提供信息化金融服务，实现资金合理配置等金融服务方式。目前受基础设施等因素的局限，农村金融机构提供现代化、信息化的金融服务能力有限，农村金融发展瓶颈期难以突破。