（一）野生资源保护和选育滞后
中药产业作为资源依赖型产业，其发展的基础是药用植物，特别是野生药用植物资源种类的丰裕和繁衍。但甘肃省野生中药材资源的保护和选育面临着如下方面的问题和困难：一是多头管理，体制机制滞后。目前，甘肃省野生中药材资源由林业部门进行保护和管理，野生中药材资源的选育由中医研究机构负责，而中药材种植由农业部门负责管理。由于上述各部门没有形成有效的沟通和协调机制，同时野生中药材资源地大多处于偏远山区，人烟稀少，加之长期对野生药材的滥采乱挖，导致一些稀有名贵的野生中药材资源缺乏有效的保护，资源濒临枯竭；二是缺乏专门的机构和相应的政策支持。目前，绝大多数专业研究机构由于资金与人员的短缺，无力开展研究工作，即使有一些经专家多年研究选育出的新品种，由于项目经费不足，无法得到及时推广，从而导致野生中药材选育一直处于严重滞后的状态，中药材种植长期以来只能集中在原有的几个品种上，不仅存在品种退化问题，而且阻碍了中药材品种扩大和种植规模的形成。
（二）产业化发展水平低
1.中药材种植组织化、规范化程度低。近年来，虽然药材种植与销售的各类合作组织和协会数量众多，但绝大多数是有名无实，实际上仍然是以农户自主种植和销售为主，尚未从根本上摆脱作坊式生产局面。即使部分农户有意愿建立合作组织，但在销售及收益方面难以统一和协调，而“公司+农户”、“公司+基地+农户”等模式由于企业需要巨大的投入，而且在收购价格方面与农户难以协调，因此企业既无意愿也无力承担。如何形成有效的种植合作组织和实施规范化种植是目前面临的最困难的问题。
2.中药企业数量少、规模小。就产业发展的客观规律而言，产业集聚是促进产业发展的有效途径，而技术水平、企业数量、企业平均规模是影响产业集聚的主要因素。然而，从目前甘肃省中药产业的发展现状来看，中药材加工和成药生产的企业仅百余家，而且以中小企业居多，资产过亿、利润过千万的企业仅19家，大多数企业主要从事中药材的初级加工，技术落后、设备陈旧，产品附加值低。与其他省中药企业相比，竞争优势不明显，缺少龙头企业，产业带动性和集聚性不强。大量的中药材只能以原料形式出售，具有市场知名度和竞争优势的品牌偏少。
3.市场体系不成熟，结构不合理，信息不畅通。虽然中药材市场的发展较快，但一是大多数市场是以中药材销售为主的市场，而且大多属于从属市场，专业化市场相对较少，市场的地域布局尚不够合理；二是各类市场之间、市场与种植之间尚未建立起全面有效的信息沟通与共享机制；三是市场中各类专业服务机构，如技术服务、信息提供、咨询服务等机构偏少，即使在具有一定规模的专业市场中，仓储物流、加工包装、中介服务等配套服务仍然较为落后。