国家审计全覆盖的概念提出已有数年，然而在实际工作中的推进却举步维艰，甚至有学者认为，审计全覆盖是不可能实现的。事实上，本文的观点与这种“不可能实现”具有一定的一致性，因为绝对意义上的不留死角的全覆盖是不现实的，审计工作应该是有重点、有方向的，这样才能体现国家意志。但正是因为这种不具备现实可实现性的特点，才使得国家审计全覆盖的提出更有意义，因为提出此概念的目的在于更好、更全面地监督公共资金、国有资源和国有资产的使用情况，在追求全覆盖这一高目标的过程中，难免存在力所不能及之处，如果仅仅追求“大部分覆盖”，那么这种不能及将更加普遍地存在从而降低全覆盖目标的完成度。因此，目前的主要任务之一，是识别和分析国家审计全覆盖面临的问题和难点，有针对性地提出解决方案并实施，稳步推进工作。
在现阶段，对我国央企实施国家审计全覆盖工作的主要问题和难点如下：
（一）审计资源不足
首先是人力资源不足，包括一般审计人员和具有专业知识背景的复合型审计人员。国家审计的对象涵盖了各行各业的组织、机构和人员，审计、财会等专业出身的一般审计人员往往不具备与这些行业相关的专业知识，也许在审计公共资金时还能应对，但当面临国有资产和资源的时候就显得力不从心，因此复合型审计人员就被迫切需要。但这并不意味着对一般审计人员就没有需求，因为央企中除了有国资委管理的军工、电信、石油等企业，还有银监会、保监会、证监会管理的金融企业，以及由国务院其他部门或群众团体管理的一般民品企业，所以相当一部分的审计工作是可以由一般审计人员来完成的，而且一般审计人员经过一定的培训后，也能够胜任需求专业知识的审计工作。
除了人力资源外，经济资源不足也是一大问题。近期国家公布和实施的各项政策，比如对电商征税、开放二胎政策、延迟退休、社保费征收权力划转等，都反映了一个事实——国家财政遇到了困难。而国家审计工作对经济资源的需求也不可忽视，比如审计人员的差旅费、获得审计证据和其他资料过程中的相关支出以及必要时聘请外部机构和人员的费用等。
（二）审计信息化水平不足
传统审计技术和方法包括观察、检查、询问、函证、重新计算、重新执行、分析程序这基本的七种，政府审计的方法则更加灵活多样，但基本思路没有太大差异。然而与财务会计中越来越普及的信息化处理方式不同，我国的国家审计仍然更多地依赖人工操作，这就意味着效率不足。虽然学界近来有一些关于人工智能是否会替代人工审计的讨论，但在目前审计资源缺乏的情况下，如果能开发出更加智能和自动化的信息系统，应当是利大于弊的。
（三）对境外资产的审计存在空白
境外资产审计相对来说具有一定难度，这种难度是由多种因素共同造成的，包括国外法律和相关政策较国内有差异、相关审计证据获取不便、国际环境的不断变化等。虽然国家审计署设有境外审计司，但除了对央企驻港机构开展过一些延伸审计外，并没有对其他央企境外资产实施全覆盖式的审计。既然要追求全覆盖，那么这部分资产的审计也是必要的。