广义而言，司法证明通常包括直接证明和间接证明两种方法。直接证明是指根据法定程序用证据能够证明案件待定事实，既包含直接证据又包含间接证据的证明，只是以间接证据认定案件事实需要到达法定条件。直接证明即狭义的司法证明，与之对应的是间接证明，即司法证明的替代方法。间接证明实质意义上已不能称为证明，只是基于特殊刑事政策考量，对于有些待证事实不需要证据证明就能认定，最典型的是司法认知和推定，推定和证明同为刑事诉讼认定方式。[ 转引自张保生、常林主编：《中国证据法治发展报告2012》，中国政法大学出版社2014年版，第164页.]直接证明过程中，需要对多个证据进行综合推理形成完整的证据链，论证所主张事实的真实性。而间接证明过程中，由于证据有限或者实践中很难证明，法律作出特殊规定，只要能够证明基础事实，未经司法证明则可认定待证事实直接成立，或者法官基于众所周知的事实、无争议的事实等认定案件事实，即理论上的免证事实。
（一）直接证明
司法证明是指负有证明责任的一方向法庭证明所主张的事实成立的活动。法官只是作为居中裁判者，对负有证明责任的一方提出的案件事实是否存在进行权威性验证和判断[ 陈瑞华：《刑事证据法学（第二版）》，北京大学出版社2014年版，第255页.]，即法谚所说“法官的使命是裁判，而不是发现”。司法证明包括三个基本要素：证明对象；证明责任；证明标准。[ 同上注，第258页.]以下结合间谍罪逐一进行简要分析。
第一，证明对象。证明对象是提出诉讼主张一方所要证明的案件事实是否存在或真实。其根本上区别于审判对象，法庭审判的对象是控方诉讼主张是否成立，审判对象以证明对象为基础。诉讼主张通常包含两个要素：事实根据和法律评价。而法律评价是肯定或否定是由裁判者经过控辩双方辩论质证后，内心排除合理怀疑作出的决定。只有事实根据才属于证明对象。间谍罪中的诉讼主张是行为人是否成立间谍罪。间谍罪中证明对象就是行为人是否实施了法律所禁止的间谍行为，以及与之相对应的主观罪过是否为故意。行为与罪过均需证明，坚持主客观相统一才能准确认定犯罪。第二，证明责任。“谁主张，谁举证”，这是诉讼中举证的基本原则。控方指控被告人成立间谍罪，刑事诉讼中被告人受无罪推定和不得强迫自证原则的特殊保护，我国刑事诉讼法第49 条规定公诉案件中被告人有罪的证明责任由检察机关承担，间谍罪是否成立的证明责任由检察机关承担。无利益则无诉讼，证明责任与诉讼主张紧密相连。证明责任与败诉风险也联系在一起，即控方不能提出证据或者无法论证待证事实的真实性时，该证明事实只能视为不存在，法院会驳回诉讼请求。第三，证明标准。证明标准是承担证明责任的一方将待证事实的论证所达到的程度。最高人民法院关于适用刑事诉讼法的司法解释第64条确立了事实清楚，证据确实充分的证明标准。证据确实充分是指定罪量刑的事实都有证据证明；据以定案的证据均经法定程序查证属实；综合全案证据，所认定的事实已排除了合理怀疑。这是最高的证明标准，即法官对案件事实达到了百分之百的确定性。间谍罪的成立亦需要达到该标准。