苏元春所接手的是一个陷入僵局的谈判。早在法军登陆海头之后，法国方面就要求中方派出全权代表前来商量划界问题，但受到百日维新的影响，清政府高层发生动荡，广州湾问题被搁置。9月，中方代表、勘界专员、督办钦防候补道潘培楷到达广州湾，但法方代表甘司东领事却并未如约到达。潘培楷久候法国代表不至，遂因公务离开。法国方面反称中国代表不守信用，擅自离开。此后，又嫌潘培楷官衔太低，不愿与他进行谈判。实际上，法国人是想在谈判之前先对他们想要的地盘进行事实上的占领，以便在谈判中逼迫中国承认既有事实。等到拥有了一定的谈判筹码后，法方于1899年3月13日通过驻华公使毕盛向总理衙门提出了自己的划界方案。对此中方认为其所要的面积太广，遂予以拒绝。此后法中双方又分别于5月27日和5月29日提出了各自的划界草案，因差异太大，谈判陷入僵局。高礼睿来到广州湾后，于8月6日向中方表示法方可以放弃对黄坡的租借要求，并让出万年桥及雷州到遂溪的大路。这些都只是为了诱使中方尽快签订条约的细节性让步。
当苏元春于1899年10月18日抵达广州湾时，他所面临的形势是非常严峻的。这种不利形势主要体现在三个方面：一、广州湾法军重兵压境，事实上已经占领了主要的据点；二、两广总督和地方当局对苏元春的不信任与不支持；三、11月12日发生的“平石事件”令局势雪上加霜。
首先，法军为了在谈判中取得主导权，早在1898年4月22日就登陆海头，夺占地盘，相继占领了海头、硇洲等地作为谈判筹码，意图逼迫中方承认法军的占领事实。6月，法国远东分舰队司令高礼睿率领7艘军舰以及一个营和四个连的海军陆战队抵达广州湾。[[[] 乔尔·蒙塔古，肖丹.黄略“门头事件”及广州湾最后的战役【J】.岭南师范学院学报,2015,1,166]]拥有了足够兵力的高礼睿开始主动出击，法军于6月24日和25日先后占领了新墟炮台、东海岛和赤坎近郊。1899年7月，“海军司令电告我占领已完成，但中国政府当局不可理喻，各官吏拒绝移交行政卷宗。”[[[] 龙鸣，景东升.广州湾史料汇编（第一辑）【M】.广东人民出版社,2013,400]]此时法军在广州湾的兵力已经多达810人。[[[] 法国外交部档案/政治商贸信函1897-1918，NS211：99]]法军还广泛修建堡垒和工事。根据法军士兵苏伯曼回忆，“第一批援军到达时，我们立即建起了以下几处炮台：白瓦特、博蒙特、海头、奥格山（门头）、南三靖海、东海岛的两个炮台。”[6]169以上种种行为都表明法军意图用武力胁迫中方让步，苏元春面对的简直就是一场城下之盟，讨价还价的余地非常小。
其次，两广总督和地方当局对苏元春不信任。自从广州湾谈判开启以来，两广总督谭钟麟就一直保持着较为强硬的态度，不与法国方面进行谈判，并坚持认为“广州湾”指的是吴川县所辖南三附近的小海湾以及附近的几个村庄，只是单纯的一个“趸煤所”，法方所要求的土地面积太广，实属无理取闹。对于苏元春的到来，他也不甚支持：一方面是觉得清廷派一个全权大臣到自己的辖区进行谈判，挑战了自己作为总督的权力，另一方面则是因为两者对于东海岛和硇洲岛的归属权问题有较大的分歧。这种矛盾连法国方面都有所察觉。在毕盛于11月5日发给德尔卡塞的电文中有这样一段表述：“两广总督使用侮辱性的语句电告苏提督，反对将硇洲与东海两岛租与法国。”[[[] 湛江市文化广电新闻出版局.广州湾钩沉【M】.岭南美术出版社,2015,173]]谭钟麟认为两岛万不可割让，并数次上奏朝廷要求保全两岛，“据谭钟麟等电称：硇、东两岛为五府商民出入必由之道，万不可弃等语”[[[] 王彦威.清季外交史料【M】.书目文献出版社,1987,(139),20]]。而苏元春则从两岛已被法军占领的实际情况考虑，认为不如将两岛作为筹码，换取法方在赤坎北部的让步，“硇东两岛业经筑台久占，万难争回，不得已与法提议，将两岛允租……并退回内地志满至黄坡八九十里各节”。[[[] 清实录·德宗景皇帝实录（六）【M】.中华书局1987,(452),969]]“接遂溪县知县李钟珏说贴有可租海外两岛、愿存内地各村，以安生灵等语。奴才元春揆情夺势，不能不如此结束。”