《内经》的恢弘智慧，探求种种规律的方法论围绕轴心和展开——借哲学图式演绎为医学思想系统。其哲学方法论围绕轴心而定位和展开。其中阴阳五行《道德经》等要义是交互的，且体现为宇宙观、哲学策略及医学方法论的高度综合；研究对象略有差别，和其它经典相比较，所强调的思想体系的交点、本源相似；因为，若从理论的外部考察这均属中国传统天人合一思想这同一命题的不同侧面而已，所以可证多种方法论在医学体系之中密不可分，围绕轴心的理论空间构成、方法论属性相似，均指向理论核心。
其思想体系清晰-朦胧同构，静穆伟大的气度涵摄天地万象，启蔽思路是感悟无极-太极-天道-地道-人道乃至身体之道-医药原理之道-针灸加工之术，皆从于道……。于是所论病情分析、诊断规则、具体治疗操作手法，无不突出历史与逻辑的一致的中心原则：医学是人学、须从天人相应出发，以医载道传统就是真理的本质诉求、是现实的抽象分析与理想极限的高度一致。
据《上古天真论》《四气调神大论》《生气通天论》《移精变气论》《阴阳应象大论》《阴阳离合论》等可见，始终强调天人相应这也是《内经》历史与逻辑统一的根本方法，且人无不处于阴阳五行之轴心，如“阴阳者，天地之道也，万物之纲纪，变化之母，生杀之本始，神明之府也”（《素问·阴阳应象大论》）；再如，黄帝问曰“人之合于天道也，内有五藏，以应五节五色五时五味五位也；外有六府，以应六律，六律建阴阳诸经而合之十二月、十二辰……十二经脉者，此五藏六府之所以应天道……病之所以起，学之所始，工之所止也”（《灵枢·经别》），“日行二十八宿，人经脉上下、左右、前后二十八脉，周身十六丈二尺，以应二十八宿”（《灵枢·五十营》）——体内—体外、宇宙—人全息相应；双向互动。“哲学的每一部分都是一个哲学全体，一个自身完整的圆圈。但哲学的理念在每一部分里只表达出一个特殊的规定性或因素。每个单一的圆圈，因它自身也是整体……这里面每一个圆圈都是一个必然的环节，这些特殊因素的体系构成了整个理念，理念也同样表现在每一个别环节之中”，[[德]黑格尔:小逻辑,[M].北京:商务印书馆,1996,P56.]外宇宙—人体内宇宙，这种广泛联系的策略指导下的有关诊断法则诉求宏观透彻。
通变的契合可使治疗法则技术实践免于顾此失彼、摸象之嫌；因为，在这个辩证系统之内，任何一个系统都永远属于局部、而处于更大的系统之内，无不处于被统摄之下，原因及其结果永远都是现象，而非终极本质。于是呈现为其思想体系之中的数理交互演化。“人文之元，肇自太极……《易》象惟先。庖牺画其始……《乾》《坤》两位，独制《文言》”（《文心雕龙·原道》），《内经》就显现着这方面的策略，全书篇数八十一对应数理；开篇即坚持历史与逻辑的一致而曰“上古之人，其知道者，法于阴阳，和于术数，食饮有节，起居有常”（《素问•上古天真论》），强调人法于天地及其和谐特性，如“人生有形，不离阴阳”（《素问·宝命全形论》），就禀赋而论“阴阳和平之人，其阴阳之气和，血脉调”（《灵枢·通天》）；再如强调身体内外之别，“阴在内，阳之守也；阳在外，阴之使也”（《素问·阴阳应象》），“阴者，藏精而起亟也；阳者，卫外而为固也”（《素问·生气通天论》）；以及《阴阳应象》《阴阳离合论》《阴阳别论》数篇专论，即将生活所涉事物及其万千形态等作为运筹基本元素，纳入了学理光芒闪烁的易理、五行及道家学说要义，阴阳特性的反复强调亦即医学之道-人道-天地（阴阳）-太极之间的效法和被效法之关系，以组合医学原理的基本图式，赋予范畴以序列、系统、逻辑、症候，在多层次时空的关联之中凸显多维视角的性质。