新疆，古称“西域”自从西汉张骞出使西域以来，汉朝与西域的交流越来越频繁。通过汉武帝的雄才大略汉朝开始对外扩张，公元前60年，为了管理统一后的西域，西汉在乌垒城（今轮台县境内）建立西域都护府，正式在西域设官、驻军、推行政令，开始行使国家主权，这就是《汉书▪郑吉传》中所称的“汉之号令班西域矣”西域自此纳入中国的版图，从此成为我国领土不可分割的一部分。清政府在平定“准葛尔部叛乱”之后，将古称西域的天山南北地区改称为新疆，取“故土新疆”之意。从清朝后期开始，清政府在新疆地区的统治逐渐式微，而新疆独特的地理位置使得其具有重要的战略地位，因此，国外势力一直觊觎的地方终于有了可乘之机。“鸦片战争”以后，西方列强叩开了中国的大门，国外势力趁机进入新疆。自此，“新疆问题”开始凸显，新疆地区各族人民也从此生活在冲突动荡之中。
2001年6月15日，上合组织签署《打击恐怖主义、分裂主义和极端主义上海公约》，首次对恐怖主义、分裂主义和极端主义作了明确定义。所谓三股势力是指暴力恐怖势力（如拉登就是恐怖主义组织头目）、民族分裂势力（如俄罗斯车臣非法武装组织）、宗教极端势力（如乌兹别克斯坦的伊斯兰运动组织）。新疆地区的三股势力具有以下过程和特点。
从18世纪末到“鸦片战争”前夕，英国殖民者就开始挑拨、利用新疆少数民族势力发起新疆脱离中国的叛乱活动。19世纪中期，阿富汗人哲马丁鲁提出联合所有伊斯兰教国家创立统一的伊斯兰政治实体的主张，由此开始了泛伊斯兰主义的传播。19 世纪 80 年代末，泛突厥主义在中亚地区兴起，主张所有操突厥语系语言的民族联成一体，组成一个由奥斯曼土耳其苏丹统治的大突厥帝国。“双泛”思潮的兴起对整个中亚地区产生了广泛的影响，成为许多国家动乱的思想根源。而这，便为新疆“分裂主义”的兴起与猖獗埋下了祸根。
此外，由于新疆地处欧亚大陆腹地，是世界上各种文明的交汇地，世界三大宗教在新疆都有影响和体现。因此，历史上新疆也是一个宗教冲突不断的地区，新疆的极端宗教势力来源已久，新中国成立后在中央政府的政策影响下，新疆地区的宗教狂热分子并没有翻出多大的浪花。新疆地区极端宗教势力呈现象的兴起是在上世纪80年代，1979 年伊朗伊斯兰革命成功，使得中东地区的伊斯兰运动和原教旨主义开始兴起，连环反应也使得中亚地区泛伊斯兰主义和泛突厥主义再次兴起。这些事件标志着新疆的外部宗教环境发生了重大而深刻的变化，有了国外的成功先例，这极大的刺激了潜伏在新疆地区的极端宗教分子。由于当时我国改革开放的背景，中央政府根据社会需要，及时调整了对新疆的民族和宗教政策。然而，由于欠缺对中央新的政策精神的领会，地方政府放松了对新疆极端宗教分子的控制和监管，并且错误的平反了一批“东突”骨干分子。这刺激和鼓励了一批宗教极端分子，开始在新疆鼓吹和煽动宗教狂热的氛围，准备再次实施分裂新疆的活动，新疆的极端宗教势力自此开始便渐成气候。