由于新疆地理位置和民族问题的特殊性，因此，新疆三股势力的危害不仅在于新疆地区，其对于周边地区和内地的影响也十分明显。“昆明火车站暴恐案”以及“北京金水桥事件”都是这种影响的重要的体现。总体来说新疆三股势力的危害性主要有三个层次：第一，对于新疆地区的危害。第二，对于内地的危害。第三，对于中国国际关系的危害。
在第一个层面上。首先，“新疆三股势力”对于新疆地区的影响是全面性、全方位、深层次的。可以说新疆三股势力对于新疆地区的政治、经济、文化、和社会安全都有不同程度的影响。其中，社会安全是首当其冲的一方面，社会安全是受影响最严重、治理难度最大、对人民群众影响最大的一个领域。国家安全不只是国土安全，人民安全与社会安全也是国家安全的应有之义。新疆地区是我国多民族共同生活的地区，新疆地区的稳定与安全关系到新疆各族人民群众的生命和财产安全和安居乐业的问题。在新疆乌鲁木齐7·5打砸抢烧严重暴力犯罪事件中，造成1700多人受伤、197人死亡。其中，无辜死亡156人。无辜死难者中，汉族群众134人、回族11人、维吾尔族10人、满族1人。这仅仅只是一例暴力恐怖袭击，就造成如此大的人员伤亡，人民群众的生命安全受到严重损害，受难者家庭更是承受了巨大伤痛。因此，维护新疆地区安全与稳定的首要任务是维护安全稳定的社会秩序，打击和预防犯罪保障人民群众的生命财产安全。
其次，在“新疆三股势力”对新疆地区的安全影响中政治安全是受其影响危害性最大、安全级别更高、破坏力最为深远的一方面。主要体现在“新疆三股势力”在新疆从事的分裂活动和暴力恐怖袭击虽是以老百姓为袭击目标但经常夹杂以冲击党府机关为目标的恐怖活动，其目的是为了动摇我党在新疆地区的基层政权，实现其试图分裂新疆的野心。
此外，经济安全是受新疆三股势力影响最为直接，破坏范围最广的一个方面，其表现在于新疆三股势力的所有暴力恐怖活动都是以破坏为主要手段，以制造恐慌为目的，以分裂新疆为其终极目标。因此，在实施暴力恐怖活动的过程中破坏财物就是其目的之一，因而会大肆的毁坏公私财物，造成极大的经济损失。据统计，新疆7.5打砸抢烧严重暴力犯罪事件，造成重大经济损失，其中有331间店铺被烧，暴力恐怖分子砸烧公交车、小货车、越野车、货车、警车等共计627辆，其中184辆车被严重烧毁。直接经济财产损失达6895万元。
最后，文化安全是受新疆三股势力的影响最不明显却影响十分深远的一个方面。文化安全方面的影响不如社会安全和经济安全的危害程度和破坏力来的那么直接，却会在潜移默化处使得新疆各族人民与党和政府离心离德。如果地方政府处置不当，长此以往，就会使得新疆各族人民对于党和政府缺乏文化认同感，缺乏亲和力，这样的危害性比对经济安全造成的损失还要大，这样不仅会造成文化隔阂，破坏新疆地区多民族的团结稳定，更是“新疆三股势力”竭力所要达成的目的。
在第二个层面上，新疆三股势力对我国国家安全的危害主要表现在，其由原来在新疆地区活动转变为向外扩散，并有向全国蔓延的趋势。由于中央政府的强硬态度和地方政府的“零容忍”执法，因此，三股势力在新疆地区的生存空间和活动范围逐渐缩小，再加上国际三股势力活动方式的变化，新疆地区的三股势力有明显的与国际三股势力合流的倾向，去国外进行犯罪培训，然后返回国内实施恐怖主义犯罪，这是国际恐怖主义组织出现的新的犯罪趋势。在这一背景下，新疆地区的极端势力分子开始具有国际视野，走出新疆准备大展身手，然而由于我国出入境管理的完备和仔细，这些人要么是出不去，要么是能出去回不来，这样一种外流趋势再加上不确定的因素就使得内地的成为，新疆极端势力分子的藏身之处，一旦遇到紧急情况便会就地实施恐怖袭击，像“昆明火车站爆恐案”、“北京金水桥事件”以及“广州火车站爆恐案”给全国各主要城市的重点场所的治安带来极大的压力，在国家层面上也给国家安全中的社会安全带来不稳定因素，使得国家安全在内部存在较多的隐患，这对于长久的维护国家安全是一个很大的不利因素。
在第三个层面上，即国际层面。无论是境内还是境外的“新疆三股势力”都在不断的鼓吹造势想要把新疆问题国际化。一方面，我们需要在打击恐怖主义犯罪领域寻求国际合作。另一方面，以美国为首的想要遏制中国发展的国家却会以此为借口，干涉我国的内政，对我国的民族政策指手画脚。每一次新疆地区的暴力恐怖袭击事件背后一定少不了国际三股势力支持鼓动的影子。新疆三股势力在新疆的每一次暴力恐怖活动活动，都会把新疆和中央政府置于国际舆论的风口浪尖上。因此，新疆三股势力不仅会影响新疆地区的安全与稳定，更会把新疆问题推向国际化的地步。一方面，这不利于我们对新疆三股势力惩治，另一方面会使得我国处于一个不利的国际环境，这对于维护我国安全的外部环境又是一个不利因素。