《万历十五年》分为七个章节，分别叙写了万历皇帝、首辅申时行、权臣张居正、清官海瑞、武将戚继光、名士李贽等人在公元1587年前后所经历的人生际遇，并借此群像间接勾勒了明代万历年间的社会图景。这一图景看似一派和谐，实则暗流涌动，隐藏了诸多矛盾与冲突，蕴含着各方面的社会张力。
（一）君主与官僚之间的张力
从空穴来风的午门闹剧[ 万历十五年阳历的3月2日，有消息声称万历皇帝要举行午朝大典，文武百官都匆匆前来，却发现皇城中并无举行午朝的迹象。后来近侍宦官宣布了确切消息，皇帝陛下并未召集午朝，官员们也就相继退散。但谣言从何而来，实在令人大惑不解。事后，万历皇帝认为这场闹剧实在有损朝廷体统，下圣旨处罚了礼部与鸿胪寺。]入手，《万历十五年》开篇即描述了万历皇帝的日常生活与成长经历。作为全国臣民无上权威的象征，万历皇帝理应处于权力的顶峰。然而，他却并没有随心所欲的能力，而是受到来自礼法与官僚的诸多约束。这一点从君臣之间的立储之争上可见一斑。万历宠爱机智聪慧的淑妃郑氏，意欲册封其子朱常洵为太子。然而嫡长子并非朱常洵，而是朱常洛。若封朱常洵为太子，则为废长立幼，于礼不合，自然会引起群臣的一致反对，不少官员甚至联名向皇帝施压。万历对此极为震怒，乃至处罚了参劾的官员，但群臣的意见并未因此而终止。双方围绕立储问题展开了近十年的拉锯战，最终万历迫于无奈，不得不立朱常洛为太子，立储之争方才平息。
此事后，万历皇帝逐渐意识到，皇帝的宝座并非传说中的天命所归，而只是一个制度的产物。皇帝在处理国事时并非最终决定者，而只是一种权威的象征。一方面，万历年间的文官制度早已成熟，官僚集团已不仅仅是单一的行政工具，而有了自己的意见与力量。皇帝所要做的仅仅是在他们的争端无法解决之时作出强制性的仲裁，并没有太多的决断权力。另一方面，强大的文官集团会不断迫使皇帝努力维持感情和个性的真空，以便在处理政务时真正做到不偏不倚。一旦皇帝萌发了强烈的个人意志或情感，背离了官僚集团一致认定的价值规范，便会面临群臣的集体反抗与施压。如此看来，皇帝名义上是天子，实际上却受制于群臣，由此君主与官僚之间便形成了一种无形的张力。而这种张力，正是万历深感束缚，苦闷难当的根源，也是他后期不问政事，消极反抗的元凶。
（二）文官集团内部的张力
既然皇帝权力受限，再难凭借个人好恶干涉国事，那么真正处理政务争端的官员是否能够事权集中，秉公办事呢？其实也不然。官僚集团虽然对皇帝的权力进行了限制，但其本身也并非铁板一块，而是存在着许多裂隙与冲突，其中表现得尤为明显的就是文官集团内部的张力。这种张力贯穿于每一官吏仕途生涯的始终，无论是力行改革的张居正、温和改良的申时行，抑或是孤直耿介的海瑞，都深受这种张力的影响，始终未能跳出原有的社会秩序。
在万历年间的文官集团中，最为突出的官员无疑是张居正。万历登基时尚不满十岁，自然难以服众，尤其是当时的首席内阁大学士高拱，居然公然表现出对皇室的轻视[ 在隆庆皇帝去世时，高拱是当时的“首揆”，即首席内阁大学士。高拱自以为是先皇的元老重臣，不把新皇帝放在眼里。新皇帝有事派人询问高拱的意见 ，他竟敢肆无忌惮地对使者说 ： “你自称奉了圣旨 ，我说这是一个不满十岁的小孩的话 。你难道能让我相信他真能管理天下大事吗 ？”]。幸而张居正献上妙计，采取断然措施解决了高拱，于艰危之际保障了皇室的安全。有此等殊荣加身，张居正自然顺利地成为了新的内阁首辅，并为皇室所倚重。无论是早年的万历还是太后，在处理事务时都极为信任张居正的意见。此外，除了首辅一职外，张居正还兼管万历的教育事宜，时常亲身进行教授，因此他对万历的影响不可谓不深。在某种程度上，张居正甚至掌握着实际的政务处理权与人事任命权。这一情况引起了当时诸多大臣的不满与弹劾，但均被万历一一驳回，甚至对弹劾者进行处罚。在当时，张居正可谓真正地重权在握，位极人臣，而他的政治抱负也得以尽情发挥。在职期间，张居正力行改革，一心整理全国赋税，并以万历的名义实施了全国耕地丈量。但改革还未落实，张居正便因病逝世，而他的诸多计划也在其死后化为乌有。