（一）未改变传统粗放型的管理理念，对财务管理重视不够
财务管理作为医院管理的重要组成部分，是规范医院经济活动和秩序的重要手段，是提升医院整体执行能力的重要途径，对医院战略目标的实现发挥指挥棒的作用。但目前很多医院管理者对其重视程度不够，尚未转变传统粗放型的思路，缺乏当前医疗改革的财务管理理念，未给财务管理提供一个充分发挥其功能的平台，不利于医院整体管理水平的提升，制约了医院健康发展与运作。
（二）有全面预算管理的理念，但预算管理业务基本流于形式
全面预算管理是对预算的编制、审批、执行、控制、调整、考核及监督管理等运行流程的总称。根据《财政部 国家卫生计生委 国家中医药局关于加强公立医院财务和预算管理的指导意见》（财社〔2015〕263号）要求，在2016年底，所有公立医院要建立并实行全面预算管理制度；在2018年底，全面预算管理制度进一步完善，预算约束作用逐步强化。目前很多医院在尝试开展中，但全面预算的实行，是建立在医院完善的内部控制制度和健全的运行体系之上，在实际工作开展中，出现诸多问题，比如：重财政预算，轻全面预算，预算编制体制不健全，编制方法不统一，预算审批不严肃，预算执行不严格，评价监督欠缺等，使得全面预算工作基本流于形式，未发挥出预算应有的作用。
（三）内部控制体系不健全，监督管理不到位
随着医疗卫生体制改革的深入，公立医院之间的竞争日益激烈，医院要想实现持续健康发展，构建完善的内部控制体系，加强内部监督管理必不可少。目前有些公立医院受自身发展的限制，缺乏规范的管理机制和内部控制体系，机构设置不科学，岗位设置和职责权限模糊，管理层对各执行科室的监督和制衡不足，内控执行与监督机构不完善，内部控制执行力度不够；对风险因素分析能力不够，对风险的评估仅停留在某一个或几个方面，不具备预警和控制机制，缺乏事前、事中控制，导致内部控制体系失衡。
内部控制的有效运行需要医院内部所有部门共同参与完成，而内部控制的监督和评价需由独立的内部控制执行人员或机构完成。目前，多数医院内审机构由内部审计部门来承担，但内部审计人员队伍良莠不齐，没有得到良好的职业教育和培训，导致内控人员对相关知识及具体操作不能全面掌握，不能满足内部控制的要求。
（四）成本核算方法单一，收支结构不合理，缺乏科学有效的绩效管理体系
目前很多医院的成本核算处于粗放型的核算阶段，院级成本、科室成本核算，主要是对历史成本的归集，属于事后成本，绩效分配依据多劳多得原则，忽视对成本节约的考核，未充分发挥成本事前预测、事中监控的功能。同时，医院长期依靠“以药养医”导致的收支结构不合理，在新医改下弊端越发明显，短期内无法通过医疗服务价格的调整达到结构的合理配比。随着新医改形势的变化，医保控费力度加大，医保支付方式改革，疾病诊断相关组（DRGs）付费逐步推进，医院开展病种成本、项目成本核算迫在眉睫，传统的医院财务会计成本核算已经不能适应日益变化的新要求。
在医院调结构、控成本过程中，绩效评价制度及管理系统则发挥重要作用，而目前公立医院在绩效管理方面水平参差不齐，多数医院采用自己内部的一套绩效考核方法，考核体系、考核办法、分配原则欠科学，不能充分调动全体人员的工作积极性。
（五）信息化水平较低，不能满足日常数字需要
随着互联网+的发展，数字经济已成为中国经济的发展趋势，数字经济时代要求财务业务多项融合、提供个性化财务服务、提高财务服务的及时性及智能化水平，对于公立医院来说，要想在数字经济时代立于不败之地，高水平的信息化建设就显得尤为重要。而目前多数医院对信息化重视程度不够，信息化整合水平不高，各部门之间信息相互独立，内部信息交换不顺畅，导致数据传输效率低，数据质量差，大大制约了医院整体运营能力的提高，不能适应当前医改的新变化。