元贞本的正文是经、注、疏合编本，这里所说的渊源问题一是经、注部分的源头，二是疏的源头。
虽然杜泽逊先生指出蒙古平水刊本《尚书注疏》的经注与宋纂图互注本接近，[ 杜泽逊《尚书注疏校议》，中华书局，2018年，第180页。]但是从玉海堂本《论语注疏解经》的经注来看，与宋纂图互注本似乎并不相近。一个典型的说明是《监本纂图重言重意互注点校论语》篇名下所注章数与玉海堂本所列并不一致，如纂图本第五篇作29章、第十篇作1章17节、第十一篇作23章、第十五篇作49章、第十七篇作26章、第十八篇作18章，而玉海堂本分别为28章、1章22节、24章、42章、24章、11章，前者分章或同陆德明《经典释文》或同朱熹《论语集注》，后者则一同邢昺疏。此外，纂图本书末并无经注字数，这与五代以来监本之例也不符；而玉海堂本卷末有经注字数，反合五代及北宋监本之例。可见，纂图本《论语》虽然题名“监本”，但与北宋监本并不相类；而元贞本经注的底本与邢昺纂疏时所据的监本经注较为接近。
从笔者的校勘来看，玉海堂本经注与蜀大字本经注和纂图本、盱郡本较远，应该不是同一个底本，而和源出宋八行本的元十行本较为接近。如《学而》篇《吾日三省吾身》章何注“得无素不讲习而传也”之“也”字，蜀大字本作“也”，元十行本、玉海堂本、纂图本、盱郡本作“之”；《君子不重则不威》章“无友不如己者”，盱郡本“无”作“毋”，用本字，玉海堂本同蜀大字本、元十行本作“无”。《为政》篇《吾十有五而志于学》章何注“有所成立”之“立”，蜀大字本、纂图本、盱郡本作“立”，元十行本、玉海堂本作“也”；《温故而知新》章何注“可以为师矣”，玉海堂本、元十行本“为”下有“人”字，蜀大字本、纂图本、盱郡本无；《子奚不为政》章包注“即与为政同”之“即”字，蜀大字本、纂图本、盱郡本有，玉海堂本、元十行本无；《十世可知也》章何注“势数相生”之“势”，蜀大字本、盱郡本、玉海堂本作“势”，元十行本、纂图本作“世”。《八佾》篇《禘自既灌而往者》章孔注“故不欲观之”，元十行本、玉海堂本“之”下有“矣”字，蜀大字本、纂图本、盱郡本无；《子语鲁大师乐》章何注“而成于三者”，蜀大字本、纂图本、盱郡本有“者”字，元十行本、玉海堂本无；《仪封人请见》章孔注“天下之无道已久矣”之“已”，蜀大字本、元十行本、玉海堂本同，纂图本、盱郡本作“也”。仅从前三卷的情况看，玉海堂本经注的底本与元十行本所源的底本较近。虽然，玉海堂本经注会偶尔与蜀大字本、纂图本、盱郡本相同，但更多情况是不同，应该距离较远，杨守敬“其注文多与宋刊纂图本合”的说法并不完全符合事实。[ 杨守敬《日本访书志》卷二，《日本藏汉籍善本书志书目集成》影印本，北京图书馆出版社，2003年，第109页。]
当然，只能说玉海堂本经注与元十行本接近，事实上二者也是有一定的距离的。如《学而》篇《不患人之不己知》章注文“王曰徒患己之无能”八字，蜀大字本、纂图本、玉海堂本有，而元十行本无，后闽本、监本、毛本、殿本阮刻本并无，杨守敬、缪荃孙均认为是十行本脱。而更有说服力的是将玉海堂本与宋八行本残卷作比较。《先进》篇《闵子侍侧》章郑注“刚强之貌”之“貌”字，宋八行本、元十行本作“皃”，蜀大字本、纂图本、盱郡本、玉海堂本作“貌”；《师与商也孰贤》章经“子贡问”，宋八行本、元十行本“贡”误作“路”，蜀大字本、纂图本、盱郡本、玉海堂本不误；《子张问善人之道》章孔注“然亦不能入于圣人之奥室”，宋八行本、元十行本无“能”字，蜀大字本、纂图本、盱郡本、玉海堂本有；《子畏于匡》章包注“己无所敢死”，宋八行本、元十行本“死”下有“也”字，蜀大字本、纂图本、盱郡本、玉海堂本无；《子路曾晳冉有公西华侍坐》章马注“哂笑也”，宋八行本、元十行本无“也”字，蜀大字本、纂图本、盱郡本、玉海堂本有。仅《先进》篇的经注之中，玉海堂本至少有五处与宋八行本、元十行本不同，虽然不是至关重要的异文，但也说明玉海堂本经注的底本与宋八行本是有一定距离的。这五处：一处宋八行本、元十行本用古字，玉海堂本等用今字；两处宋八行本、元十行本有脱文，玉海堂本等不脱；一处宋八行本、元十行本有误字，玉海堂本等不误；另一处是宋八行本、元十行本有“也”字，玉海堂本等无，而这一处“也”字可有可无，可能是宋八行本误加。可见，玉海堂本经注所据底本似乎较宋八行本为早。