在整个金融监管体系中，除了“一行三会”实施的传统意义上的金融监管以外，还包括政府综合监管部门对金融机构的综合监管，如财政部和审计署的监管和审计。由于金融审计和金融监管的对象都包括金融机构，工作的目标也都在于防范金融风险，维护金融安全与稳定，因此金融审计和金融监管的职责常常模糊不清。实际上，金融审计在整个金融监管体系呈现边缘化，我国金融监管体系当前并未真正地发挥出金融审计的作用。而就传统金融监管上而言，监管环节有三个方面的明显不足：
（一）监管未取得实质性创新，存在监管滞后
随着金融创新的不断衍生分化和运转，金融监管的过程却是相对缓慢和复杂运作的。我国在监管体制上没有提出过大的实质上的创新，长期处于滞后于金融创新的状态，风险揭示功能不强，难以及时发现金融风险。
（二）分业监管难以满足混业经营的需要
目前，我国金融创新呈现出混业化的趋势，然而我国金融监管却依然采取着一行三会分业监管的模式。分业监管模式易造成业务上的联系割裂，监管机构之间的信息不畅通，也不利于面对混业趋势下风险的即时发现和传达。位于监管交叉区域的业务，也容易造成监管重复和监管真空的局面从而引起金融机构的不满和资源效率的浪费。
（三）金融监管存在激励冲突问题
金融监管在信息不对称的情况下出现的多层代理关系框架下的激励冲突在很大程度上可能造成监管失效。金融业监管的多层代理关系即社会公众与政府之间、政府和监管机构之间、监管机构和金融机构之间的代理关系。不同利益群体利益间的冲突让监管机构难以作为，监管效率低下。
鉴于传统监管的薄弱环节，强化金融审计在金融监管体系中的作用是有必要的。加强对金融监管机构和金融机构的综合监管和功能监管，把其纳入宏观审慎监管的框架之中。健全货币政策和宏观审慎政策双支柱框架需要不断深化金融改革，整治金融乱象和违法行为，防范和化解金融风险，才能促进金融体系安全高效地运行。