1.“权利从哪里来？”政府为什么放权，学校清不清楚的问题。管理权限清单制度是以习近平为核心的新一届领导人治国理政的重要决策。《中共中央关于全面深化改革若干重大问题的决定》中指出：“全面深化改革的总目标是完善和发展中国特色社会主义制度，推进国家治理体系和治理能力现代化”。而教育治理体系和治理能力现代化，就是要根据教育发展的自身规律和教育现代化的基本要求，以构建政府、学校、社会新型关系为核心，以推进管办评分离为基本要求，以转变政府职能为突破口，建立系统完备、科学规范、运行有效的制度体系，形成政府宏观管理、学校自主办学、社会广泛参与的格局。因此，政府将办学自主权下放给学校，就是推进管办评分离、构建现代学校制度的重要举措。
2.“权利放了哪些？”学校接不接得住的问题。以青岛市为例，青岛市政府办公厅印发的《关于进一步推进现代学校制度建设的意见》，明确将人事管理、财务和基建管理、教育教学管理三大类14项办学自主权下放给学校。而青岛市教育局印发的《青岛市教育局关于实施学校管理权限清单制度的通知》中给出了关于学校管理权限清单的参考目录。市北区作为义务教育阶段学校管理权限清单的试点区，按照上述文件规定，依据法律法规，结合《关于实施学校自主管理权限清单制度试点的通知》和《市北区人民政府办公室关于推进依法治校建设现代学校制度的意见》要求，通过清单目录的区校两级调整，管理权限事项表的模板制定，加之教育法律法规的全面梳理，使得全区下放给学校的办学自主权条清屡晰，责权明确。
3.“有权也不任性！”学校接不接得稳的问题。学校管理权限清单制度是一项创新性工作，缺少可借鉴参考的成功经验。当学校需要从原有的依赖于自上而下的权利统治的依附角色，转变为依靠多元共治的权力共享的主体角色时，学校的“有权也不任性”，意味着学校治理是由共同目标支持的管理活动，意味着协商、合作和共治，意味着更民主、更温和、更开放的治理模式。因此，学校管理权限清单制度所秉承的基本原则是“法定职责必须为、法无禁止即可为”。学校需要用一份“正面清单”来梳理公共权力，公布事项办理依据、工作流程、承办部门等内容，同时更需要一份“负面清单”，明确法律法规的“底线”在哪里,使得权力始终运行在阳光之下。
区别与行政领域的权力清单制度重在约束权力运行的特点，学校管理权限清单制度在实践层面具有三层实践意义，实施学校管理权限清单制度是落实学校办学自主权的制度保障；实施学校管理权限清单制度是促进政府职能转变的内在要求；实施学校管理权限清单制度是实现社会各界监督办学的有效手段。