净土法门的修持方法在净土诸经中都有所展示，主要有观像念佛、观想念佛、持名念佛、实相念佛、礼拜供养、五悔六念等，一一行成，皆生净土。其中《观无量寿佛经》主要提倡作观念佛，在最后第十六观中方才提出持名念佛。而《阿弥陀经》和《无量寿经》则主要提倡持名念佛。藕益大师《阿弥陀经要解》首句即将持名念佛为最胜方便之行的要义和盘托出：“原夫诸佛悯念群迷，随机施化。虽归元无二，而方便多门。然于一切方便之中，求其至直截、至圆顿者，则莫若念佛求生净土。又于一切念佛法门之中，求其至简易、至稳当者，则莫若信愿专持名号。”又说：“惟持名一法，收机最广，下手最易。”由此可见净土法门的修持方法确实是浅显易行。然而净土法门背后所依据的理论却极其深奥，必须透彻了解显密诸宗全部的教理行果及众生根器的时节因缘，才能对其有所体悟。世尊在经典中多次讲到净土法门是“难信之法”，等觉菩萨犹如隔罗望月，唯佛与佛乃能究竟此法门的真实含义，非九界自力所能信解也。净土法门义理之深，主要可从心作心是、因果法则、圆摄诸宗三方面来看。
（一）“心作心是”的净土教理即“是心作佛，是心是佛”的简单归纳，以大乘佛法“万法唯心”之义为根本原则。《大乘起信论》讲到，整个宇宙的万事万物都是由众生的心念所产生和建立的,所谓“一念起，万物生”，离开念头就没有外物，这是大乘佛法的究竟了义。《观无量寿佛经》云：“诸佛如来是法界身，入一切众生心想中。是故汝等心想佛时，是心即是三十二相，八十随形好。是心作佛，是心是佛。诸佛正遍知海，从心想生。”是心作佛，谓净土依正庄严，是阿弥陀佛在因地累劫修行、积功累德而圆满成就的果实，当众生具足真信切愿念佛求生时，以契合于阿弥陀佛本愿的强烈意愿为亲因缘，以西方种种胜妙为所缘缘，以佛力加持摄受为增上缘，以都摄六根、净念相继为无间缘，四缘和合则必定成就往生西方花开见佛的净果。是心是佛，谓净土依正庄严，全体是众生本具真心之感召，“实不出我今现前介尔一念心外，以吾现前一念心性实无外故。又西方依正主伴，皆吾现前一念心中所现影。”正如永明延寿大师在三时系念中所讲的“阿弥陀佛即是我心，我心即是阿弥陀佛。净土即此方，此方即净土”。西方依正即我真心，则念佛即是念心，至力极功纯，豁然和念脱落，清净本心自然显露，西方依正自然现前，往生净果自然圆成。此乃佛法圆极究竟之谈，法门深妙，无以复加，“破尽一切戏论，斩尽一切意见。唯马鸣、龙树、智者、永明之流，彻底担荷得去”。彻悟大师赞叹曰：“《观经》‘是心作佛，是心是佛’二语，不唯是《观经》一经纲宗法要，实是释迦如来一代时教大法纲宗；不唯释迦一佛法藏纲宗，实是十方三世一切诸佛法藏纲宗。此宗既透，何宗不透。此法既明，何法不明。”]净土法门义理宏深，全在于此。
（二）世出世间之事，不出因果二字。印光法师言：“因果者，圣人治天下，佛法度众生之大权也。”梦东禅师云：“善谈心性者。必不弃离于因果。而深信因果者。终必大明夫心性。此理势所必然也。须知从凡夫地乃至圆证佛果，悉不出因果之外。”净土法门同样如此，其中蕴含着深刻的因果法则。
在大乘佛法中，净土宗和密宗同属于他力法门，也称作“果教派”。此种法门的修持都是从果地开始，以果为因，因果同时。其教理默契因果法则，超越常途教道，绝待圆融，不可思议。故密宗修本尊法门，自己就是本尊；净土宗修念佛法门，自己就是阿弥陀佛。净土法门所持的阿弥陀佛名号正是法藏比丘四十八愿的结晶，是其历劫勤修、万德圆满的果实。凡夫念佛，正是从佛的果觉上起始修行。
又《观无量寿佛经》中称净业三福为往生正因，其文曰：“欲生彼国者，当修三福：一者，孝养父母，奉事师长，慈心不杀，修十善业。二者，受持三皈，具足众戒，不犯威仪。三者，发菩提心，深信因果，读诵大乘，劝进行者。如此三事，名为三世诸佛净业正因。”
其中第一条是对人天所讲，第二条是对小乘声闻和缘觉所讲，第三条是对大乘菩萨所讲。第三条中将“深信因果”作为对大乘菩萨的要求在净土法门中确实别有深意，在这里并非是浅显地讲善恶各有报应的简单因果，而是将“念佛是因，成佛是果”的最高因果法则作为大乘菩萨的修行指南。华严宗教义中常讲：“因分可说，果分不可说。”诸佛所证圆满无碍之果德，非凡夫妄想分别、卜度思量所能体悟，其妙用不可思议，故曰不可言说。而诸佛果德，尤以摄受众生为最究竟方便。印光法师云：“净土法门，行极平常，益极殊胜。良由‘以果地觉，为因地心’，故得‘因该果海，果彻因源’。于一代时教中，独为特别法门，其修因证果，不得以通途教义相绳。”净土法门，便是依阿弥陀佛的果地功德摄受众生的究竟方便而建立，乃修行人信愿念佛的净因与阿弥陀佛本愿功德成就的净果结合而生的妙用。此妙用依因果法则之极理而生，是自性本具德性的彻底显现，唯有通达因果交彻的微妙关系，方能生信发愿。正如夏莲居居士《净语深妙禅偈》中所言：“志坚如钢气如绵，不间不杂自成片。因心果佛互感应，根身器界潜转换”。