关于中国对于“两江流域”政策存在如此差异，目前学术界尚未进行深入探讨，研究成果散见于中国国际河流的水位特征及人文状态研究、国际河流的争端分析及对中国的启示、中印跨界水资源问题研究及中国“澜沧江-湄公河”流域合作研究中，少有将澜沧江-湄公河与雅鲁藏布江-布拉马普特拉河进行综合研究成果，且大部分研究成果遵循“问题（争端焦点）-对策”论述逻辑，而“原因-问题（争端焦点）”类成果相对不足，缺乏系统全面的分析。概括起来，目前学术界对于两条国际河流合作存在差距的研究，主要有以下四种解释。
（一）领土争端说
这种解释认为，中印两国围绕东段、中段、西段的争端此起彼伏，双方对峙时有发生，鉴于国家领土主权的“零和性”，双方的领土争端很难在短时间解决，而雅鲁藏布江正位于中印东段领土争端的藏南地区，如此妨碍了中印在雅鲁藏布江-布拉马普特拉河的合作。反观澜沧江-湄公河流域，中国与缅甸、老挝两国没有领土争端，与越南在北部湾的争端已得到妥善解决。但是这种思路却无法解释，中国与澜沧江-湄公河流域国家没有领土争端的情况下，为何中国在澜沧江上修建水坝却招致越南等国的强烈反对？一定程度上阻碍双方合作，可见，领土争端说并不是唯一原因。
（二）水资源稀缺说
这种解释包含两方面的内容，一方面随着人口的增加和经济的发展，流域内国家用水量增加，导致在水资源的分配上存在矛盾；另一方面指由于人类的生产生活，致使水污染问题严重，导致可用水量相对减少，而河流淡水资源是有限的，这使得国家间易发生冲突。由纳兹里·乔克里伽和罗伯特·诺斯编著的《冲突中的国家——国家增长与国际冲突》[ 耿胜伟：《中印跨界水资源问题日益升温及其对中国的影响》，河北师范大学硕士学位论文，2013年，第2页。]是这种解释的代表。中国均是这两条国际河流的上游国，中国在上游段的开发利用将会对下游国的水资源安全造成影响。这种解释却无法论证在两条国际河流流经的国家，人口和工农业用水均增加的情况下，为何中国与澜沧江-湄公河流域其他国家合作稳步推进而与印度在雅鲁藏布江-布拉马普特拉河的合作却举步维艰。
（三）政治互信赤字说
这种解释认为，自新中国独立后，印度期望西藏独立而使其成为中印之间的“缓冲国”，当中国平息西藏叛乱后，印度接纳达赖集团并使其在印度建立“流亡政府”，干涉中国内政。此外，步步蚕食传统上属于中国的领土导致中印两国政治互信降低，而由印度长期宣扬的“中国威胁论”更是政治互信低的直接表现，这直接影响中印在雅鲁藏布江-布拉马普特拉河的合作。反观澜沧江-湄公河流域五国，随着中国经济的发展，周边国家与中国的经贸合作不断扩大，双方合作领域逐步深化，双边访问频繁，政治互信稳步攀升，直接推动中国与澜沧江-湄公河流域五国的合作。这种解释侧重于双方的政治互信对合作的影响，但忽视了国内政治力量、各个部门对合作的态度和看法。
（四）域外大国干涉说
这种说法认为，美国等域外大国为提升在亚洲的影响力和制衡中国，利用印度与中国存在的矛盾和对中国开发西南水资源的担忧，拉拢印度以插手中国周边事务，助力其“重返亚洲”政策的实施，美国智库传统基金会指出“美印两国可在不结盟的条件下，支持彼此的战略目标实施”，“美国还应与南亚各个国家保持密切关系。”美国此举将影响中印在雅鲁藏布江-布拉马普特拉河的合作。但是，美国不仅仅插手中印合作，在澜沧江-湄公河流亦“积极作为”，如提出“下湄公河倡议”，创建“湄公河下游之友”，且日本也活跃于该流域，如从2008年开始，日本与湄公河五国定期召开外长会议，探讨与会各方的合作。然而为何中国与湄公河五国的合作仍然继续向前推进？域外大国干涉说未能解释这一问题。