中世纪西欧社会的各种活动都渗透着基督教的因素，可以说，中世纪的西欧是一个基督教的社会。基督教不仅掌控整个社会的信仰问题，而且还渗透到文化、政治、经济等各方面。大学的发展自然而然逃不过教会的干预。因为“文化毕竟是信仰问题，主教坚持对文化进行控制”。教会想要牢牢控制牛津大学，使之像巴黎大学一样，成为神学的婢女。
尤其是13-14世纪，林肯主教非常喜欢强调主教的权威，倾向于将大学视为大学体系内的附属机构。他们认为大学作为教会的附属理所应当接受主教与教会的管制。这主要是由于他们担心大学教授的知识违背《圣经》的精神，传播异端思想。因此主教宣称教会有权监督、巡视和纠正大学的任何行为。而学者们声称的对大学事务的自决权，被林肯主教看作对其司法管辖权的公然践踏，这必然会遭到主教们的竭力遏止。林肯主教奥利弗·萨顿（Oliver Sutton）的记录官约翰·斯盖比(John Schalby)就曾在一份备忘录中这样提醒后来的主教：“对任何一位主教来说，要想不被陷害或者权威不受蔑视，就需要确保自己在授予大学特许状或者其它事务中不要过分维护大学······因此必须谨慎小心，以免过多地屈尊于他们（大学及学者）”。13、14世纪的林肯主教对牛津大学的自治诉求执行的是一以贯之的压制态度，由此使得两者之间的关系一度处于紧张之势。考虑到从1209年到1362年的9位林肯主教中大约6位或7位都曾经在牛津任教，这种情形更令人困惑。一个合理的解释是，这些来自牛津的学者，一旦开始担任主教，便将大学的经历和学者的理念抛之脑后，反而不惜以大学的利益为代价，巩固自身的管辖权。在1209年的城镇与学袍的冲突后，当职主教维尔斯的休（Hugh of Wells）一方面以大学保护人的身份维护学者的利益，惩罚市民，另一方面又限制学者们自由选举代表他们自身利益的校长。这种态度在格洛泰斯特任主教时得到继续遵循。虽然在当选为林肯主教之前，格洛泰斯特在牛津大学渡过了他的大部分时间，是大学培养出的优秀学者，时刻以大学利益为重。但他在担任林肯主教期间拒绝了牛津大学提交的一份请求，原因是校长在这份请愿书上印上了大学的公章。在他看来，使用公章是大学寻求自治的表现，因此请愿书理所当然遭到拒绝。长期以来，教士群体都是中世纪英国大学慷慨的捐助者，但与此同时教区主教又想方设法阻挠大学取得完整的自治权，这是一个令人费解的现象。
大多数时候，坎特伯雷的大主教们在牛津大学发展自治的过程中承担的是调停人的角色，萨顿对大学的多次干预引起学者们的不满，于是他们向大主教请愿，结果是牛津章程再次获肯定。比如1281年牛津大学校长在关于精神管制案件的审判权问题上与萨顿发生争执，最终在大主教的权威下，萨顿在进行了一番有气无力的所谓自己的所作所为‘完全出于高尚和纯粹的目的’的申辩之后作出了让步，校长真正拥有了对所有普通案件的独立审理权。 大主教有时候还是校长权力的支持者。又比如林肯主教在新当选校长的确认问题上拒绝让步，僵持之下，1350年，伊斯利普发布敕令规定，当主教拒绝对新当选的校长执行确认时，大主教可代替他执行，对校长的确认权不再受主教管辖，这帮助大学减少了一个受制于林肯主教的因素。因此，“在大主教的支持下，大学从林肯主教手中陆续获得了诸多管理权和自治权”。虽然牛津大学与教皇的亲密程度远不能与巴黎大学相媲美，但大学也收到了教皇颁发的敕令，教皇们试图以此来与英格兰权威相抗衡。他们或者通过授予大学特权、在大学与教会的纷争中支持大学一方来打击英格兰教会的气焰。或者拉拢大学作为对抗英格兰王权的左膀右臂。特别是在英格兰民族意识渐渐觉醒之际，英格兰王权逐步增强，蔑视教皇权威，教皇愈加依赖这种方式。大学第一份特许状便是1214年在国王约翰的请求下由教皇特使颁发的，这是大学迈出的取得独立的第一步。颁布于1254年10月的教皇特许状则授予学者免于世俗审判的特权，这是牛津大学自主进程的里程碑。此外教皇也常常通过多次确认前任教皇们的特许状来巩固大学及其学者的特权。