1 生态价值
1.1 生物多样性。生物多样性是动物、植物、微生物与环境形成的生态复合体以及与此相关的各种生态过程的总和。崇义客家梯田是一个完整的复合农业生态系统，具有广泛的生物多样性。此外，对崇义客家梯田核心区上堡乡的调查表明，该地复合农业生态系统中曾种植过10多种传统水稻，养殖过4种鱼类和3种鸭类，以及多种瓜果、蔬菜和其他作物等。上堡乡农业文化遗产地现在还使用秸秆还田、灯火除虫等传统的农耕技术，体现了上堡村民“像保护眼睛一样保护生态环境”的价值观和环境观。丰富的水源、肥沃的土壤和舒适的气候及传统的农耕技术都为农业文化遗产的生物多样性保护提供了保障。
1.2 水土保持功能。森林和植被在保持水土、涵养水源等方面起着重要作用。崇义客家梯田位于亚热带季风湿润气候区，降水丰富且集中，齐云山丰富的植被在减少降水对地表侵蚀破坏上发挥了关键作用。同时，地表植被能降低雨水汇合速度，加快水分下渗，从而起到涵养水源的作用。崇义客家梯田是客家先民在坡地上分段沿等高线而建，它通过山顶的植被或修筑的坡塘贮存自然降水，形成含水量较大的高山湿地，湿地所涵养的水源则通过下渗和人工水渠引入村庄和梯田作为生活和灌溉用水，而梯田和河流的水汽蒸发容易成云致雾，又以降水的形式回到山地、梯田与河谷之间，形成良性的水利灌溉循环系统。
2 经济价值
农业文化遗产的经济价值是指遗产用于农业生产时供给农产品和提供收入的过程中所产生的经济效益。崇义县水稻种植历史悠久，水稻种植是当地的传统支柱产业，对农民创富增收和地方经济发展都起到了重要的作用。目前，上堡乡引入了“新视野”等现代农业产业化公司，通过引导农户流转闲置土地给公司统一进行有机耕种的同时，公司的产业化经营还创造了各种岗位，可解决返乡农民就业问题。崇义客家梯田系统内部水稻和鱼鸭共生，各自然要素形成了高度的协调机制，鱼鸭具有吃虫、增氧和增肥的作用，可减少人工成本支出。此外，通过使用鱼鸭粪、花生枯和牛粪等有机农家肥，可节省化肥和农药的使用，降低生产成本。系统内产出的“高山梯田”有机稻米市场价达124元/公斤，带来了巨大的经济收益。
3 社会价值
3.1 重要的示范价值。崇义客家梯田系统作为一种具有八百多年历史的传统农耕文明，系统中涵盖的4万多亩梯田，是客家先人为了适应社会发展，开山垦田依山势而修建的，具有独特的传统耕作技术和土地利用模式。梯田不仅可以节省土地还可以形成天然的立体农业模式，有效缓解人地矛盾。此外，对坡耕地水土流失治理和提高生态功能同样有着重要的示范作用，崇义客家梯田系统作为中国传统农耕文明的智慧结晶，向世界展现了人与自然和谐共处的生存方式。
3.2 美丽乡村建设价值。美丽乡村建设的核心价值之一就是农业文化遗产保护，而对农业文化遗产最好的保护就是对其活化利用。充分发挥崇义客家梯田现有的精神和物质价值，不断的挖掘历史文化价值，才能更好的促进遗产地的发展，增加农民收入，助力扶贫攻坚。在保护中坚持“开发中保护，保护中传承，传承中发展”的原则，只有找到农业文化遗产保护、传承和开发利用的契合点，才能提高当地民众对于梯田文化的认知水平，增加相关主体在保护和开发中的参与度，最终实现崇义客家梯田地区农业强起来、农村美起来、农民富起来。
4 文化价值
4.1 丰富的文化多样性。崇义客家梯田系统是中国古代“农耕文化”的象征之一，具有丰富的文化内涵。它在长期的历史发展过程中融合了丰富多样的文化要素，这些要素主要包括与梯田系统密切相关的宗教、习俗和饮食文化等。同时，系统的文化多样性还体现在除了系统本身的文化，亦有遗产地衍生出的各类文化，如“稻鱼文化”、灌溉文化、古村落文化及红色历史文化等，这些文化遗产在遗产地的不断发展中既相互独立，又相互影响，共同融铸成了立体而全面的崇义客家梯田文化。
4.2 独特的地方性文化。地方性特色文化是一个地方群体在长期的社会实践和社会生活中创造并具有差异性和独特性的物质和精神文明的总和。崇义客家梯田系统的历史发展伴随着当地原住民与外来的客家人民的思想碰撞融合，形成了一系列独具区域性的地方特色文化。“舞春牛”是一项具有地方特色的带有宗教和家族色彩的民间习俗，于明朝正德年间从湖南传入崇义，这一反映农家生活的习俗在发展和演化的过程中进行了从内容到形成的加工，融合了当地的客家山歌的独特唱腔，并入选了江西省非物质文化遗产；“告圣”是具有客家道教色彩的传统舞蹈，俗称“茅山道士”的民间法事活动，其以歌舞的形式祈求民安，这一省级非遗项目已历经八十余代，现上堡村道士程昭星为非遗传承人；结合了黄元米果、黄姜豆腐和竹筒饭等客家美食及高山有机大米、有机茶油、笋干等生态农产品的客家饮食文化也是当地人民智慧和汗水的结晶；“上堡整训”是著名的赣南三整之一，被誉为“军旗不倒的地方”，上堡整训旧址是具有红色文化的教育基地，对研究我国近代革命史具有重大的历史价值，所以遗产地还具有鲜明的地域性红色文化。
5 科研价值
5.1 丰富的科学知识和思想方法。崇义客家先人为躲避战乱被迫迁徙至齐云山山区，他们在如此严峻的自然环境下，最先考虑的是如何生存发展。基于此，他们通过合理的聚落选址、原始的农耕方式、合理的水资源利用和对森林的精心爱护，创造了崇义客家梯田系统极具特色的农耕文明。对这一复合农业生态系统的研究和开发，需要运用农学、生态学、历史学、地理学、经济学和管理学等基础学科，进行多学科融合，多角度分析和多方法并用。
5.2 具有借鉴意义的传统农耕技术。崇义客家梯田系统是全球重要的农业文化遗产，是中国传统坡地生态农业的典型代表。其运用的农耕技术、灌溉技术和种养技术等都为农业的可持续发展提供了示范案例。崇义客家梯田是典型的复合农业生态系统，其“稻鱼鸭”综合种养模式是有机农业的代表，它内部丰富的生物多样性可解决现在农业技术难以实现的一些问题。崇义客家梯田种植的有机大米一年一季且产量不高，当地居民为满足其生存发展需要，因地因时制宜，发展了作物套作等复杂精密的一体化农耕技术，因此其可为中国乃世界同类型农业系统提供借鉴经验。