目前，我国研究生教育正在进入一个更快更高的发展时期。国家对教育管理信息化的越来越重视，各高校在教育管理信息化方面不仅不断加强硬件建设的投入，同时也在管理体制改革、信息资源优化和人才培养等多个方面采取了一系列措施以促进信息化建设的发展。但是在具体实施过程中，仍然存在诸多问题。
1．缺乏长远规划，管理系统功能单一。各高校目前正在使用的信息管理系统多是基于单个部门功能而开发的，如：招生管理系统、教学管理系统，档案管理系统等。系统的设计与开发缺乏整体的规划和统筹，没有考虑各部门之间业务的关联性和传递性，导致各系统之间数据无法对接，其他系统的已有信息不能在本系统中得到有效利用，出现一定程度的重复建设。信息系统的建设应该综合考虑学校的宏观政策、岗位设置和业务流程等因素，建设一个综合性、多功能、多层次的教育管理信息系统。
2．管理信息化标准难以执行，信息化管理亟待规范。早在2002年教育部就颁布了《教育管理信息化标准》，并相继出台了一系列与之相关的配套实施细则。但在实际的管理工作中，研究生教育管理信息化标准并没有得到完整的执行。许多高校的行政部门都根据自身的管理需要自行开发了教育管理系统，总体来看各系统所采集的管理信息都有自己的数据标准或格式，并没有遵照《教育管理信息化标准》进行统一设计，这直接造成了部门间横向和纵向数据交换与传输的障碍。
3．高校管理体制的改革不彻底，制约信息化发展。尽管高校的管理体制已经进行了一系列的改革，但是由于这种改革的缓慢和不彻底，国内各高校目前仍然沿用传统的管理体制和运行模式。 “不完善的管理体制对高层决策的支持功能难以发挥，信息化资料缺乏也难以为教学、科研和管理提供高质量的信息服务。”[3]由此可见，传统管理体制与信息化建设的发展严重脱节，已经不能适应信息化发展的新需要。
4．管理人员信息素质普遍较低，导致信息化水平难以提高。随着信息化的迅猛发展，信息技术开始在研究生教育管理工作中普遍应用，但是管理队伍的信息素质并没有跟上发展的步伐，这也制约了教育管理水平的进一步提高。尤其是“网络技术、智能技术还未能在实际工作中得到广泛应用，使得教育管理信息化总体水平较低。管理人员知识匮乏，技术水平不高阻碍了基础数据在宽度和深度方面的增加，影响了数据的精度”。