（一）生源人数严重不足且生源质量较差
生源是一个学校生存和发展的决定因素，是学校教育存在的首要前提。没有生源，就无所谓学校，也就无所谓学校教育；没有生源，学校便失去了其应有的意义和价值。目前农村家庭条件好，学习成绩好一点学生都想读名校，这正如师资向名校集中一样。现在的贫富差距也同时孕育了“贫富不均”的教育，一个地级城市，最好的大多是一中或二中，是学生和家庭最想去就读的地方。同样的，一个县最好的高中绝大多数集中在县城，师资水平与校园环境也是众多学生及其家长的首选。伴随城市化浪潮出现的这种教育“虹吸现象”，优秀师生向城市集中的现象让农村高中处于一种很尴尬的境地。虽然现在国家倡导素质教育多年，受多年应试教育的惯性思维的深刻影响，不少地方政府与社会舆论仍然用升学数量这一简单指标衡量学校的办学水平，家长和社会关注的仍然是这个学校考了多少清华，多少北大，那个学校考了多少一本多少二本，迫使不少学校至今不敢放手让学生更多的参与合作学习、探究学习活动中去。
过去，农村学生因面临吃饭难的问题而拼命读书，他们充分认识到读书是“跳农门”重要途径，家长也十分重视；而城市孩子学习品质与农村相比存在一定的距离。现在，整体来讲城市孩子对学习重要性的主观认识更强烈，家长认识更端正，也更加重视，学习条件更好，而农村孩子的价值观念、行为习惯、学习条件等制约了农村教育的质量提升。现实社会中，不少农村家庭生活条件略好些，对教育有着积极长远认识的父母大多想方设法争取定居城镇，为孩子提供优良的学习条件，城乡教育水平的差距相较于改革开发放初期而言明显的扩大，而且此种差异愈来愈大。
同时，县城及以上区域的各公办高中、民办学校相互之间的竞争日趋激烈，为了保住各自的地位，他们竞相扩大办学规模，扩选农村优质生源，更有不少私立学校以经济为诱饵，置国家法律于不顾，违规到农村各初中选拔尖子生，更是直接导致农村高中选拔的生源质量越来越差。没有优质生源，高考本科达线率这个很直观的数据肯定会矮化农村普通高中师生所获得的一切成果，社会上非常功利的教育认知觉得你农村高中落后时，偏远农村学校恶性循环的魔咒必然开启，致使农村普通高中的发展道路越来越狭窄，发展普高教育的任务越来越艰巨。
（二）农村高中阶段教育的发展未受到政府的重视
素质教育的口号喊了多年，国家的政策导向确实促进全国教育的大踏步提升，然而在经济欠发达地区，不管官方是否承认这个事实，大多数人仍把升学率作为衡量学校办学条件和办学水平的重要标准。如果升学率上不去，学校设施再好，设备再齐全，结果政府与社会对该校的加不会多高，学生的家长也不去看学校的这些教育设施和教师对学生教育的风貌如何，关键是该校的学生高考的成绩和考取重点本科的人数。
从多年来我国教育发展的重点来看，高中阶段教育历史欠账太多。高中阶段教育经费在我国各级学校教育总支出中所占比例太低。1986—1998年，政府教育主管部门一直致力于普及九年义务教育；1999年以后，政府教育主管部门将工作重心放在高校大规模扩招上；在国家对高中阶段教育的发展没有统一要求的情况下，地方政府对高中阶段教育的教育投入相对很少，相当长的一段时间，普通高中都是自负盈亏，致使不少农村普通高中学校的债务问题得不到解决。省级财政多年来无高中建设专项资金，市县财政用于高中建设资金数额也十分有限；不少高中因学校办公经费、基础设施建设等投入导致欠债，多年负债办学，特别是高考指标完成较少的农村普通高中能够分享到的财政帮助更是杯水车薪，长时间债务无法化解，学校终究难正常运转。
工资低下给教师带来懈怠。国家领导人在教师提高工资上发布的信息从实质说，实属是吹吹风而已，真正发放给教师的工资却由当地财政部门根据当地的财政收入状况来决定，当地财政部门说，财政没有钱拿什么来发？再说，教师队伍这么庞大，发得起啊？即使财政有钱发，能发给你们这些没有实际盈利部门，不是白发吗？说得也有道理，财政没钱教师你就别想提高工资，不管国家领导人谁在发布提高工资的要求，个别县域的财政就是没钱发得起。一波又一波的提工资浪起，一次又一次的清风吹来的希望，最终化作无奈的阵阵失望唏嘘，教师们的工资仍然处于低收入行列。逢年过节以至期末年底没有其他的津贴补助，完完全全清清白白就是这一脉的可怜的工资，可以说清澈见底，清水衙门无浑水。现在物价飞涨，教师的工资却不见得涨，反而每个月还要挨东扣西扣，每月还得购置价格不断飞涨的柴米油盐的伙食费及水电费，每月混个温饱生活得紧巴巴的，后顾之忧无法解决让人无心认真去工作。教师虽得高工资其虚名，而实际又是领着非拉国家一般的低工资，噤若寒蝉。但是学校领导又以提高工资空穴来风的期望不断加大教师的工作量，工资不见提，工作量却增加了不少，这凿实让很多教师们苦不堪言，怨声载道，你说怎样让教师提高工作的积极性。然而又有人（包括网上的鄙视教师者）讥笑说：嫌工资低就滚蛋呀，让别人来做！是的，教师工资低是活该，谁叫你是教师呢，教师就是无私奉献不求所取的化名词，教师是春蚕，是蜡烛，是不食人间烟火的，嫌工资低就滚蛋。无人同情，有嘴难伸难辩，申了辩了，绝对会遭泼冷水，因此只有忍气吞声，出人不出力了。
（三）农村普通高中的办学条件与师资严重滞后
农业经济发展相对滞后，各种经费特别是农村高中教育经费严重不足，导致农村学校的持续发展难以实现。由于经费不足，农村中学的学校规模过小、教学设施十分落后，校舍危房比例仍然较高。虽然近年来国家实行了义务教育新的保障机制，许多学校新修了教学楼、办公楼、学生宿舍，但在教学仪器、实验设备、图书资料、现代化的教学手段等方面，农村高中与城市相比仍有很大差距。计算机教室、计算机台数、语音室、图书室、电子阅览室、实验室、实验器材缺口较大，影响教育教学工作，从而最终导致农村学生流失。
教师队伍的建设，在整个教育环节中至关重要。师资力量的好坏，直接关系到学校教育质量的高低。如果说农村高中生源流向失控是政府管理缺位的弊端，那么教师无序流动问题则更多体现着政府管理越位的弊端。在当前，随着学校人事编制的吃紧，新教师的入口被严格控制，原有的通过分配新大学生来实现教师队伍新陈代谢的机制被弱化，教师流动频率下降，教师队伍老化现象日趋严重。尤其是在农村，不仅优秀大学毕业生进不来，而且每年都会被发达地区学校、民办学校挖走一批优秀教师，这就使农村高中的优秀教师显得尤为稀缺。在此形势下，每流失一位优秀教师都会令校长痛心疾首。
在农村地区，普通高中学校教师的进出基本上是教育行政部门说了算，校长干预人事流动的能力较弱，这就导致优秀教师“外流”“上流”现象严重，致使部分农村高中学校变成了重点高中和民办高中的教师培训基地，校长对此只能望洋兴叹。但农村教师队伍的现状却不尽如人意。集中表现在师资数量不足，素质亟待提高。其一，高中专任教师数量不足。二是教师队伍不稳定，流失现象严重。三是教师队伍结构不合理。青年教师数量偏多，缺少教学名师和骨干教师，出现断层现象；学科分布不合理，主要学科教师数量过多，非主要学科教师奇缺。四是师资培训深度、广度不够，培训效果不明显。当前的培训大都是短期的、非普遍性的，理论性较强，缺少教学操作，受经济条件的制约，也很难做到让每一位教师从培训中受益。
（四）高考“公平性”问题更加复杂
首先，农村教育资源的匮乏与严重的信息滞后使高考改革的有关政策难以被农村学生及时获知与应用。例如，清华大学早在2013年就列出了包括贫困专项计划、飞行学员、国防定向在内的十种进入清华的途径。每种途径适用于不同的考生，但是我们在农村高中的调研中发现，农村高中的师生和家长对一些国家面向农村的招生政策的了解和熟悉程度较低。能够明确辨别自己适合通过哪种政策进入大学，从而提高进入一流大学的概率需要较高的能力。但这对信息相对滞后、报考指导相对匮乏的农村考生甚至是农村教师来说本身就很困难。在高考选拔和录取机制变得愈发多元的情形下，相较城市而言，农村高中信息获取机会少，学校管理团队的理念更难做到与时俱进，家长的文化素养也相对偏低，学生获取相关政策信息的搜寻成本更高而自主意愿更低。
其次，在各大高校的自主招生和特殊培养计划中，由于农村学校办学条件相对较差，农村考生往往被认为缺少高校所注重的“学科特长”和“创新潜质”，在与城市生源的竞争中落尽下风。在这样的背景下，高考招生制度改革的方向似乎进入进退维谷的境地。稍有不慎就会陷入矛盾尖锐对立的“公平”争议当中：“只考察考试分数不公平，要看综合能力！我家的孩子会拉小提琴！”与“农村的孩子没钱上小提琴课，加分政策不公平！应该只看考试成绩！”；另外，农村高中学生的学业生涯规划教育还比较欠缺，当前的高考新制度在赋予学生选择的权利之后，“怎么才能作出正确的选择”、培育农村高中学生的“选择能力”，成为当务之急。其实，选考科目的设置只是高考改革政策的一个缩影。我们必须注意到，在高考改革过程当中，城镇与农村地区的高中教师与学生，其反应能力和适应能力是存在较大差异的。