《越级申诉》小说结构主要由犹大独白的若干事件和由此产生的复杂心理活动串联而成。具体来说，小说对犹大形象的构建主要依照时间顺序从“五饼二鱼”“油膏耶稣”“神殿逐商”“门徒洗脚”“最后晚餐”这五个圣经中代表性事件来完成。
小说以第一人称独白方式讲述故事，犹大自我形象的描述是从他对耶稣过往的控诉中逐渐清晰起来的。犹大认为自己被耶稣“恶意使唤了多次”，在门徒们潦倒到连面包都没有吃的时候，是犹大利用商人的智慧成就了“五饼二鱼”的神迹，救活了门徒的性命，自己才是完美的奉献者。在情感上，犹大抛弃了父母及赖以生存的土地主动追随耶稣，仅仅因为纯粹地爱着耶稣并且只愿“陪在他身边，听他的声音，望他的身影”。当犹大敏锐地观察到耶稣看玛利亚泛红的脸颊时，便立刻表明自己在男女之事上“从未对女子动过心”，以示自己对耶稣情感的专一性。犹大认为自己对耶稣的爱是纯粹的，在爱的欲望面前他不怕任何刑罚和地狱，是个完全的无私者形象。另外，犹大还认为自己具备一种聪明的现世生活法则，即“对别人低声下气，再踩在别人头上”。耶稣神殿逐商时，犹大不忘嘲讽耶稣和众门徒的愚蠢，认为他们无法掌握世俗的圆滑，一种智慧商人的形象跃然纸上。在描述小说高潮情节的“门徒洗脚”和“最后晚餐”中，犹大为自己背叛者的形象再次辩护，详细叙述其内心忏悔的挣扎历程，试图证明其卖主行为是可被理解的。
众所周知，第一人称小说创作最大好处是代入感强，但缺点是视角狭窄。因此，当摒弃第一人称叙事干扰站在读者角度阅读文本时，我们便可发现犹大并非无私、奉献和充满智慧的，反而是一种独占者和利己者的形象。比如，小说中玛利亚与犹大被描写成一种爱情竞争者关系。在油膏耶稣时，犹大认为玛利亚头发擦拭耶稣双脚的行为是“何等诡异”并斥责了玛利亚，并托词香膏可卖三十两银子赒济穷人，但耶稣却表示“不许责骂这位女子”。由此犹大断定耶稣已对玛利亚产生暧昧并承认这是一种来自追求者的“嫉妒”。而门徒狂唱和撒那归于大卫的子孙来迎接耶稣时，这种行为被犹大解读为只是为了从耶稣那捞些好处的功利信仰，因此觉得门徒根本不配获得来自耶稣的庇护和关爱。
又如，在犹大向耶稣表明自己抛弃了双亲与土地选择跟随时，耶稣说道：“彼得和西门，雅各和约翰都是赤贫的渔夫，他们都没有能够安度余生的土地”。可见，耶稣早已洞察犹大的跟随动机从开始就不纯正，犹大抛弃家业的爱是一种小我的爱，是渴望回报的爱，是希望追随能换来反馈的爱。犹大不止一次说耶稣是个“美好的人”，但这种美好只是体现在耶稣曾经对自己温柔与爱护的行为反馈上。而实际上耶稣的美好与爱还具备公义和圣洁的特质，比如耶稣对门徒的呼召具有绝对的主动性，他即便知道犹大是要卖他的人却仍呼召了犹大。耶稣作为信仰层面的绝对权威者和至高者，他所彰显的爱是一种大爱，显然不同于犹大理解的狭义的爱，但犹大并未理解。当其执迷地沉醉于无法获得耶稣独有之爱的挫败感中时，即便他感受到了耶稣的温暖安慰，他的心理表现却是“想放声大哭，只求你懂我的寂寞就够了”。因此，犹大在充满张力的外界环境下逐渐走向自我封闭与孤独，最终恶性循环，固执于追求自己对耶稣的独占之爱。
在某种意义上，犹大并不是把耶稣完全看成他感情上的“爱慕者”，犹大对耶稣的爱一直凌驾于信仰之上，与耶稣及基督教所宣扬的爱大相径庭。犹大在耶稣的神性与世俗性之间感到困惑，他不相信有神，也不相信耶稣会真的复活，他“只相信现世的喜悦，不害怕来生的审判”。耶稣更是一种象征正义和博爱的客观世界，犹大对这个美好向上的世界抱有强烈的憧憬。他始终像一个旁观者在评判着耶稣，把自己的理想、希望、计划都投射在耶稣身上，但又不断意识到耶稣这个美好世界带给自己无限的苦恼。脆弱的神经、强烈的自尊、敏感的猜忌使犹大与这个美好世界格格不入。而对这个客观存在却又无法摆脱的世界，犹大慢慢表现为一种绝望和自私。当发现一切理想都将落空时，犹大给予自己一个最完美的解决方案，就是离开并出卖耶稣。犹大并非因恨才去告密，反而因为太爱而不得已为之。在他看来，出卖耶稣是对自己爱的行为的最佳诠释，爱与恨并非二元对立，而是一种和谐统一的关系，这种背叛对犹大来说是独占、利己之爱的名义下的正当行为。小说最后一句“我是商人，我是加略人犹大”这句独白，显得更加意味深长。
综上，小说以圣经中五个代表性事件为时间轴，并透过犹大独白式叙述，向读者展示了一个从渴望天国、跟随耶稣时的门徒犹大形象，到出卖耶稣，追求自我利益化的商人犹大形象的转变。