根据实地考察和问卷调查结果，首都“双一流”多校区大学经过数十年的经验积累，在分派责任主体、制定各校区管理策略、基础设施建设和权利划分方面积累了一定的经验。与此同时，也存在校际融合度参差不齐，资源分配不均，发展方向模糊的问题。
（一）各校区独立性不一，校际融合度参差不齐
首都“双一流”多校区大学，有“跨区”“跨市”校区之分，“跨市”校区独立性相对高于“跨区”校区。而“地矿类”[ 注：“地矿类”指中国地质大学和中国矿业大学。]已脱离原校区独立办学，有单独院校代码，独立性最强，所以单分一类。因三类校区独立性不一，其在共享信息和校园文化建设上也各有不同。
1.校际共享信息获取渠道不完善
根据对首都“跨市”多校区大学、“跨区”多校区大学和“地质矿业类大学”校级共享信息渠道的调查，各类学校主分校区获得彼此信息的渠道主要是学校官网和教师提供。分校区被调查者表示主动通过其他渠道了解主校区的信息人数多于主校区。除“地矿类”大学被调查者认为其各项共享信息渠道建设相对完善之外，其他两类被调查者在多校区大学共享信息渠道的了解上基本都集中在某一两个主要渠道上，说明多校区大学校际共享信息渠道建设仍有待完善。
2.校园文化精神建设重视度不够
校园文化是学校本身形成和发展的物质文化和精神文化的总和。校园文化对于提高多校区大凝聚力，培养良好的校风，培养高质量人才具有重要意义。根据对问卷数据的分析，多校区大学在校园文化建设上，多注重图书馆、校区基础设施的建设，打造校区硬件基础，但除“地矿类”大学校园文化建设注重较为均衡之外，其他两类在校园文化建设上对校园文化精神层面的影响建设仍不到位，多数被调查者对所在校区校园精神建设仍有不满。
（二）各校区固有资源不同，校际资源分配不均
根据上文对首都“跨区”“跨市”多校区大学的调查数据对比可知，各校区在资源配置上多数被调查者表示稍有不均，尤其在教师影响力和学科建设方面均衡度不够，说明多校区大学在校际资源配上仍有待完善。
1.教师影响力分校区关注度较弱
教师影响力是教师客观职业、社会地位和主观人格、学识、性格等对学生的影响力度。首都“跨区”、“跨市”、“地质矿业类”多校区大学问卷调查数据显示，在校园文化建设上，教师对不同校区的影响各异，认为教师对所在校区影响较大的被调查者一般位于原校区，分校区次于原校区。且所在校区管理问题上的调查显示，多校区大学分校区在高层次人才引进上仍有困难，说明教师影响强弱的重要因素是不同校区教师素质仍有差异。
2.学科建设分校区重视度不高
根据对首都“双一流”多校区大学管理体制的问题调查显示，首都多校区大学被调查者在其管理问题上选择学科建设建设有待加强的人数与其他选项相比占多数。但主分校区对比发现，原校区选择者相对较多，分校区相对较少，除“地矿类”大学，其他高校分校区与原校区相比，分校区被调查者更注重所在校区信息技术建设和财务管理能力方面的问题。说明多校区大学分校在办学初期，多注重对物质基础的打造，对高校立足的重要非物质因素——学科建设重视度仍需加强。
（三）多校区发展前景广大，分校区发展方向模糊
调查数据表明，无论主校区还是分校区的调查者，多认为多校区大学发展前景广大。相比之下，分校区被调查者对多校区大学的发展前景更为看好。但首都“双一流”多校区大学分校区的调查数据显示，分校区被调查者多认为分校区应重视校区发展策略，说明多校区大学在发展方向上，策略制定仍在摸索之中。