.1 预算管理内部控制环境
在制度建设方面，民办院校在预算管理方面的规章制度普遍不太健全，或者存在较为健全的预算管理制度，但是形同虚设，并不会遵照执行。在机构设置方面，民办院校普遍存在并没有单独设置预算管理机构的现象，预算业务与其他业务没有分离，有些民办院校虽然设置了预算管理部门，但是职权不清晰，运行不流畅，预算管理机构形同虚设。
2 预算编制
在预算编制的方法上，许多民办院校在编制预算时，不针对上年度的预算进行实质性的分析，普遍采用“增量预算”的方式，仅仅在以前年度预算的基础上进行数据的增加或者修改，导致预算缺乏科学性和严谨性。在预算编制的程序上，民办院校存在没有设置严格的预算审批流程、预算审批流程不能按要求执行等问题。在预算编制内容上，民办院校往往只注重短期的利益，会忽视国家经济发展等对学校教育事业发展带来的长远影响，导致预算的编制和院校的实际发展脱节。
3 预算执行
民办院校在预算执行过程中，一方面，很容易因为预算内部控制环境的重视程度不够、预算编制不合理等原因，导致民办院校很难按照预算来实现资金的分配使用，在执行预算时，对于需要进行调整的项目，也会因为程序不规范等问题，使得预算项目的资金调整过于随意。另一方面，许多民办院校对于预算项目的管理并不重视，所以在预算执行中，预算执行进度非常缓慢，预算执行效率低，年终会出现大金额的资金结转结余，严重影响了民办院校资金的合理使用和优化配置。
4 预算绩效管理
预算绩效管理是预算管理过程中的重要环节，许多民办院校并没有一套科学合理的预算绩效评价指标体系，预算绩效管理工作流于形式。有些民办院校虽然设置了相应的预算绩效评价指标体系，但是对预算绩效管理的重视程度不够，仅仅把预算绩效评价当做是例行的工作，对预算绩效评价的结果不进行充分反馈并加以关注，更不会讲本年的预算评价结果和明年的预 算编制工作结合起来。