1 加强预算管理中内部控制环境的构建
在制度建设方面，章程被视为民办院校制度建设的载体，其上接法律法规，下统学校规章制度，承担着民办院校内部“基本法”乃至“校内宪法”的角色，民办院校通过《大学章程》对办学治校的基本原则进行规范，对其内部治理结构进行明确，进一步实现依法治校。同时，民办院校成立相应的领导小组和预算管理委员会，明确权责，保障制度的实施，进一步加强学校的资产管理和财务管理。
在机构设置方面，民办院校开展内部控制建设，需要规范机构设置,明确各部门的岗位职责,合理分配职、责、权,避免存在职能缺失或职能交叉的现象出现。对于民办院校预算管理来说，民办院校需要单独设置预算管理机构，将预算业务与其他业务分离，明确预算业务和其他业务的职责和权限，严格遵守权利制约的原则。民办院校机构设置并不是一成不变，当外部监管环境发生变化时，民办院校需要对机构和岗位的设置进行及时调整，确保预算管理能有效执行。
2 完善预算编制模式
在预算编制的方法上，民办院校应坚持“量入为出，收支平衡”的总原则，各部门院校不编赤字预算，按以收定支的原则编制全年预算。收入预算坚持“积极稳妥”的原则，民办院校应该结合学校实际情况，逐项核实各项合法收入，尽可能排除收入中的不确定因素。支出预算坚持“统筹兼顾，保证重点，勤俭节约”的原则，各部门按照上报的专项项目支出预算，根据轻重缓急，采取择优、择重点排序的方法确定必做项目和备选项目。
在预算编制的程序上，民办院校将各部门划分为预算责任单位，依据各部门要完成的工作目标配置相应的预算，将学校总体预算目标按照预算责任体系逐级分解，分级负责，归口管理，明确各部门权责关系。各部门是预算编制和执行的主体，需要统筹考虑收支预算，对预算编制的真实性、准确性、完整性和预算执行的结果负责。
在预算编制内容上，民办院校预算实行全口径编制，即学校及其所属各部门的所有收支全部纳入民办院校预算管理范围。校内预算按照级次分为由校内预算和二级单位预算两个部门，校级预算由归口职能部门编制，反映学校公共收支的预算；二级单位预算，即学院、职能部处以及财务独立核算单位本部门的收支预算，按照支出的性质分为基本支出和项目支出。在进行预算编制时，要坚持“收支两条线”的原则，要对各项基础数据进行反复核对，根据情况制定各项经费的预算定额，使学校经费预算有据可依，防止预算编制的随意性，做到预算安排公正、合理、切合实际。
3 强化预算执行的规范性
强化预算执行的规范性，首先，民办院校要提高对预算执行的重视，将预算执行率作为考核指标，并适当提高所占分值比例，加快预算执行进度，提高预算执行率，减少学校资金结余。其次，要确保民办院校预算执行的刚性，为保证学校预算的良好执行，维护预算的严肃性，预算在执行过程中，除非特殊情况，不予调整。最后，建立完善的预算调整机制，因特殊情况民办院校预算确需调整的，需严格按照有关的规定执行预算调整程序，说明具体原因，经校长办公会议批准后，在财力允许的情况下才能安排支出。 
4 加强预算绩效管理
民办院校要高度重视绩效评价工作，将评价结果应用作为全过程预算绩效管理落脚点，及时整理、归纳、分析、反馈绩效评价结果，并将其作为以后年度预算安排及改进预算管理的重要依据。
民办院校需要根据实际情况，建立一套科学合理、可操作的预算绩效评价指标体系，能够对预算绩效做出实事求是的评测，了解预算项目的执行进度和实施情况，以提高民办院校预算绩效评价的准确性和实用性,及时解决预算项目在执行中遇到的问题。
民办院校要充分反馈和运用预算绩效评价的结果，仔细分析本年预算的评测结果，作为下一个预算年度编制预算的基础。各部门在年终提交支出评价结果，由学校进行考评。对于绩效评价结果较好的，加大投入力度，宣传和推广有关工作经验;对绩效评价结果较差的，在下年度预算编制时削减或取消有关预算;因预算执行不力，影响部门正常运转和发展，给学校造成经济损失的，将对相关领导人和责任人进行问责。