佛教在公元前6世纪兴起于印度（巴基斯坦曾经是北印度），佛陀的很多本生故事发生在此地。《大唐西域记》记载了许多神佛传说，其中与医药相关的传说充满了神秘色彩，也让普通人对神佛的超自然力量充满敬畏。
如书卷二中记载古健驮逻国有一佛塔，为纪念商莫迦菩萨恭行鞠养。侍盲父母。“于此采果。遇王游猎。毒矢误中。至诚感灵天帝敷药。德动明圣寻即复苏”。弘扬了佛教孝亲尊师，善感天地的精神。
而卷三记载乌仗那国中则有一个著名的佛本生故事，至今为佛弟子们津津乐道：“代鸽西北二百余里入珊尼罗阇川。至萨裒杀地（唐言地药）僧伽蓝。有窣堵波。高八十余尺。是如来昔为帝释时。遭饥岁疾疫流行。医疗无功道死相属。帝释悲愍思所救济。乃变其形为大蟒身。僵尸川谷空中遍告。闻者感庆相率奔赴。随割随生疗饥疗疾。其侧不远有苏摩大窣堵波（此塔尚在）。是如来昔为帝释时世疾疫。愍诸含识自变其身为苏摩蛇。凡有噉食莫不康豫。珊尼罗阇川北石崖边有窣堵波。病者至求多蒙除差。”
卷六还记载了室罗伐悉底国中得眼林的故事——“昔此国群盗五百。横行邑里跋扈城国。胜军王捕获已。抉去其眼弃于深林。群盗苦逼求哀称佛。是时如来在逝多精舍。闻悲声起慈心。清风和畅吹雪山药。满其眼已寻得复明。而见世尊在其前住。发菩提心欢喜顶礼。投杖而去因植根焉” 。故事中的盗贼因作恶多端而受到残酷的刑罚，失去双眼，又因弃恶向善，至诚祈祷得到医药救助。
因年代久远，这些故事已经无从考证，其中所记录的超自然力量可能就是咒祷治病的理论依据。也是众多传统医学体系共同经历的“神药两解”、“巫医合一”时期真实的写照。可能是由于缺乏科学知识，社会发展缓慢而又极不平衡的历史原因造成的。