现阶段贫困地区扶贫资金的来源，主要是以下几种。一，财政资金，包括国务院扶贫办、财政部、地方政府等对贫困地区拨付的各类扶贫资金，这是其主要的经济来源；二，政府贴息贷款。政府提供扶贫资金，并通过农村金融机构如农行及农村资金信用社对贫困家庭提供生产经营所需的信贷服务；三，金融机构，农业银行的村镇网点和信用社等农村金融机构的自筹资金；三，小额信贷，主要来源有政府扶贫资金、政策性金融机构提供的批量资金、当地农户缴纳的互助金、民间资本投资等；四，企业及民间组织的捐赠。包括个人、民营企业的捐赠和机关事业单位对口帮扶。在以上这四个来源中，现有阶段主要以中央财政和地方财政扶贫资金为主，但企业与社会组织也逐渐发挥更重要的作用。扶贫资金的不同来源方对扶贫项目的管理机制不同，其对农村贫困的影响也存在差异。[2]在扶贫初期阶段，中央财政拨付的扶贫资金对农村贫困率、农村人均纯收入和农业总产值的影响最为明显，但随着贫困地区金融需求的多元化，其他来源的资金也在不同方向发挥着更重要的作用，不同来源的资金效率的差异性有可能是其负责部门及管理方式在资金效益发挥上的区别造成的。
我国政府及各社会机构组织对贫困地区的帮扶方式不断地调整改变，产业扶贫、金融扶贫、农村经营主体的就业培训、新农村建设等多种扶贫模式在贫困地区全面开展，建档立卡贫困户的收入和生活水平得到了显著提高，农村基础设施和产业发展得到了较大的改善。其主要扶贫体系主要分以下几个方面：第一，产业与金融扶贫。针对贫困户的专项资金帮扶主要以小额信贷和扶贫贴息贷款的方式，通常是财政拨款，然后让政策性银行和地方性网点负责贷款对象的筛选与资金的发放，农户有了资金就可以发展种植、养殖、初加工等产业。同时地方政府和社会组织也会建立扶贫基金来投资贫困地区的企业，帮助企业规范管理和扩大规模。第二，贫困地区的基础设施建设。主要是以中央及地方财政扶贫资金为主要来源，项目内容主要包括农村街道、农田灌溉、生活设施、信息技术、渠道建设等，这些项目建设既有效地改善了农村环境及生产生活条件，也加快了贫困地区产业结构调整。第三，教育扶贫和公益扶贫，主要是贫困地区农民的职业技能培训、贫困学生资助和贫困户的大病报销、资金救助等。
二、扶贫资金运用方面的所存在的问题与风险
第一，运营不规范导致的风险。现阶段扶贫过程中，地方政府通常把扶贫项目定义为德政工程，从而更多是沿用最安全也最常用的扶贫模式，而没有充分考虑当地的资源禀赋和产业情况来制定可持续发展的方案，扶贫项目的立项不科学，会直接影响扶贫资金正常发挥作用。有些扶贫资金审批下来后，并没有投向预先承诺的项目，而是转移到其他的用途，或是更改实施地点，缩小建设规模等，而这些不规范的操作缺少有力的监管与约束，这就导致扶贫项目的实施质量不高，资金效益较低。贫困县基本以第一产业尤其是农业为主，而农业企业最大的痛点就是企业经营管理不规范。中小型的农业企业受其发展规模、所处地理位置、交易习惯等因素影响，一般均存在个人客户和供应商情形。与单位客户和供应商相比，个人客户和供应商在采购能力、供应能力、经营规模、规范经营情况等方面存在一定不足，一方面可能产生大量现金交易问题，另一方面可能无法确保公司收入真实性、准确性和完整性。这些问题是贫困县农业企业难以避免的一个问题，也是阻碍企业在资本市场进行融资的因素。
第二，金融扶贫项目所面临的金融风险。针对农户和小型企业的经营资金缺乏问题，政府贴息贷款是最直接的保障机制，但在实际实施过程中始终难以达到预期的效果，而且加大了贫困地区的金融风险。主要表现在：一是贷款发放不到位；按照扶贫贴息贷款政策的规定，借款主体是贫困户、专业户、农业龙头企业和特定项目实施单位。但贷款发放机构是自筹资金、自负盈亏，按照市场管理原则，有生产能力但缺乏资金的贫困户自然被划入劣质客户范围，而专业户和农业龙头企业信用等级高，违约风险小，更容易被贷款发放机构所认可。二是贷款信用风险。补贴贷款的借款者怀有国家买单的预期，经常因个人素质原因恶意违约，或因经营劳动积极性不高而收入欠缺，造成贷款回收率低。[3]部分贫困地区在确定扶贫主导产业时脱离了当地的实际需求，强迫农民实施，最终项目失败后群众也无力还债。同时扶贫贷款量多面广，而管理机制又要求集中发放统一到期，而贷款发放机构由于流程繁琐和基层人员所限，管理不到位，清收不彻底，间接导致了贷款的逾期。
第三，扶贫资金的监管机制不健全，导致效益不佳。扶贫工程项目的申报审批和实施管理职能分属于不同的政府部门，权利和责任的分离性以及缺乏科学有效的监督体系，导致贫困地区的扶贫资金在申报、管理、使用、评估过程中仍然存在很多问题。在扶贫项目申报方面，有的贫困地区没有在考虑本地的资源禀赋和特色，而是选用别的地区的较为熟悉的项目模式和更容易通过审查的类型来进行申报，同时还存在重复申报或以之前项目的子工程再次申报的现象；扶贫资金的不能及时拨付到位，以至于项目建设和实施进度缓慢，降低了资金的使用效率和经济效益。其次，扶贫工作经常被地方政府定义为德政工程，由于理念的限制导致扶贫资金更多地用于形象工程的建设，而缺少创新性的模式和周期长但有利于产业纵深发展、农户持续性脱贫致富的项目类型，因此扶贫资金不能取得更高的经济效益和社会效益。在现阶段扶贫过程中仍然存在贪污腐败和虚报扶贫业绩的问题，扶贫资金在使用过程中缺少严格监管，存在挪用、私扣等现象，产生道德风险，且严重地影响了扶贫效率。村镇单位对于扶贫工程的实施进展和验收结果评估没有进行透明及时的公开披露，而当地的群众对工程细节了解甚少或监督积极性不高，导致扶贫工程的质量参差不齐，甚至存在扶贫资金浪费和工程质量严重不达标的现象。此外，贫困地区在扶贫资金的使用中更偏向于投入当地的基础设施建设和标准化同质化的项目，对当地特色资源的利用程度不够，尤其是特色农产品加工项目和旅游项目缺少与邻近地区合作和跨区域合作的有效机制，而仅凭一村或一县的资源整合，很难在农产品加工或其他产业项目中快速建立畅通的全产业链，小区域内的文化旅游项目也不容易带动市场效应，从而造成扶贫资金的经济效益不高。