第一，认知度不高。在国家“大众创业、万众创新”的口号号召下，众多形式的创业开始登上历史舞台。然而，这个最早出现于2006年，已经经历了十多年发展历程的“公益创业”却依然没有深入人心。在当今社会，人们对于“公益”和“创业”都给予了很高的认同感和支持率。然而，作为合成品的“公益创业”，要么是不知，要么是知道了却也不认为其能成功，这些问题直接造成了大部分公益创业团队失去了一定的社会支持，同时也要承担来自家庭、舆论一定的压力。
第二，资金来源单一、不稳定。近几年来，尽管公益创业获得了国家政策制度的大力支持，地方政府、民政局等组织以及部分高校都通过各式各样的活动给予了一定的资金支持。但是，一方面来自于政府和高校资金的支持具有一定的滞后性，很有可能存在活动已经在筹备运行中而资金还未到位的情况。另一方面，政府和高校给予的资金只能解决“一时之需”，若是将公益创业作为事业，希望其在五年、十年乃至更长的时间内都能够运行下去，仅靠这部分的资金是远远不够的。而作为资金“重头”的企业，或是没有很好的公益创业意识，或是没有与创业团队进行联系，直接导致公益创业团队重要资金来源被截断，这不仅与社会、企业认知度不高有关，也与创业团队宣传不力、高校引导等多方面因素有着密不可分的联系。
第三，创业团队管理模式混乱。在调查研究中，可以发现，大部分公益创业项目失败的原因都与其内部管理模式混乱有关。在大学生公益创业实践中，无论是项目主要负责人领导无方，职责任务分配不清，个人能力欠佳，还是项目指导老师没有很好地进行引导，整体规划公益创业团队，或是项目团队成员出现矛盾、内部主要成员离开团队、部分成员未能很好地尽到自己的职责等等，都会直接或间接地导致创业团队管理模式混乱，最终造成团队解散，项目失败的不良后果。